小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
故事发生在一个人魔共存的世界之中，格斯（岩永洋昭 配音）是一名身形强壮的雇佣兵，在战场中杀人如麻所向披靡，然而，格斯虽然看似无坚不摧，但痛苦和孤独始终折磨着他的内心，让他无法获得安宁。一次偶然中，格斯遇见了由格里菲斯（樱井孝宏 配音）所领导的鹰之团，格里菲斯热情的邀请格斯加入他们的队伍之中。 骁勇善战，巾帼不让须眉的千人长卡思嘉（行成桃姬 配音）、性情温和足智多谋的捷度、年轻却深受器重的里基特（寿美菜子 配音）、身材魁梧但性情老实的比宾，在鹰之团里，格斯结识了这些志同道合的伙伴们，彼此之间结下了深厚的情谊。哪知道，就在鹰之团逐渐得到了国王的器重的同时，格里菲斯为了获得超人的力量而将所有的团员们都献祭给了恶魔。
解决掉「不净冥王」的驱魔师私塾众人，从京都回到了正十字学园。「校园七大不可思议」、「学园祭」相继到来，等待着他们的，是欢乐的校园生活，与突然袭来的恶意。被拐走的同学、背叛的同伴、启明结社的目的.....危险而刺激的新篇，开幕！
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
