神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
他是一手掌控着整个SH市命脉的穆家嫡长孙。 她是夏家刚找回失落多年的嫡出大小姐。 怀胎三月被毁容后丢下滔滔大江，这般万劫不复之地，究竟是谁救了她？晴空利用自己的聪慧
讲述了主角一觉醒来，世界大变。熟悉的高中传授的是魔法，告诉大家要成为一名出色的魔法师。崇尚科学的世界变成了崇尚魔法，偏偏有着一样以学渣看待自己的老师，一样目光异样的同学，一样社会底层挣扎的爸爸，一样纯美却不能走路的非血缘妹妹……
巴斯沉入海底之后，被忠实的手下夸克救出。新的一届陀螺大赛开赛了，本次的奖品是基因块。巴斯为了夺得基因块，创建了陨石队，一同大战劲爆战队。他们在试炼之岛，和各国高手大战，巴斯的新队员实力非常强大。他们的陀螺全部升级为第二代。
守护森林的仙女爱丽丝在一次巡视森林的过程中发现了一个塑料玩具小精灵，于是运用自己的魔力赋予其生命，将它变成自己守护森林的助手，并起名图尔克。在施魔法的过程中有一些魔力洒在了另外一个塑料火星人小玩具身上，于是塑料火星人巴特尔和图尔克认识并成为朋友，一起守护森林，经历了许多有趣且发人深省的事情。
