神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 …なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！
新ダークヒーラー誕生！ 闇医者ならぬ闇ヒーラーは怪我を治し、人を癒し、世も正す…？ 「お前最近何もしていないよな、ぶっちゃけもういらないんだ」 冒険者パーティから役立たずと言われ、一枚の金貨を手切れ金に追放された治癒師の青年ゼノス。 貧民の生まれで、自己流の治癒魔法を使うゼノスは治癒師のライセンスも持たない。行く先をなくしたゼノスが路地を歩いていると、腹を刺された瀕死のエルフの少女リリと出会う。 「大丈夫だ、この程度なら助かる」 「……あれ、痛くないし傷もない。なんで元通りになってるの！？」 貧民街の外れにある廃墟街にひっそりと開業した治療院を舞台に、 無免許天才治癒師による無自覚最強ファンタジーが始まる―。
铃之宫莉莉莎是只允许一流淑女就读的“樱心女子学园高等部”的学生。她为了获得学园中最有荣耀与骄傲的称号——“高贵的少女（Noble Maiden）”，日夜努力，成为了周围人都刮目相看的大小姐。然而，实际上她是一年前因为母亲再婚而进入铃之宫家、曾经是“普通人”的女孩。为了回应母亲的期待，她压抑着内心的真实情感，放弃了自己热爱的摇滚和吉他，开始以大小姐的身份行事。某天，她遇见了学园中的憧憬对象黑铁音羽，并在偶然的情况下目睹了音羽在打鼓……大小姐✖️摇滚！？心底的真实情感交织碰撞的青春摇滚动画，正式开幕！
古药大陆，万族林立，丹师为尊；双生武脉，再现世间！醉卧美人膝，成就丹道至尊！
