在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
为了庆祝猪猪们打败了作恶多端的风暴前线，太阳城又举办了一场热闹的英雄盛宴。但一阵突如其来的震动打破了宴会的气氛。原来是冲天城突然涌入了大量岩浆，猪猪们紧急前往地表展开救援，却因此被困在下九霄。他们决定前往地心寻找五灵元素来解决这个危机，竟在途中发现风暴前线并没有被打败。猪猪们一路与其搏斗，惊险不断也从不气馁，可黑云的登场却似乎给了他们致命一击
斗魂大赛开始了，立志要振兴的唐门的霍雨浩等人代表唐门参赛，赛前唐门大师兄贝贝意外被魔化的恋人小雅打伤，霍雨浩不得不担任唐门的临时指挥人，在霍雨浩的安排下、唐门一路披荆斩棘，战无不胜。可在八强赛中，霍雨浩率领的唐门却对上了王秋儿带领的史莱克学院……
冰皇海波东曾经是一位冷血的杀手，接到雇主的任务前往沙漠寻找一名蛇族蛇女，在带回蛇女的时候发现蛇女已经失忆。在此期间海波东了解到蛇族同样在寻找这名失忆的蛇女，同时还遇到了一位神秘黑衣蛇人与她多次交手最终被其所重伤。海波东为了完成任务，带着重伤将蛇女带到自己的藏身之所治疗伤势，一路上遇到了各种危险……
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
好不容易进入了大学，想要好好学习出人头地的“完美”男生李清吉，刚一入学就莫名被拐入了一个三流摇滚乐队，队长燕回空有一张帅脸却性格超差，这种颓废的生活根本是浪费青春！但是，他所弹奏的旋律，却唤起了李清吉尘封于心中的回忆……
猪猪侠和菲菲、波比、小呆呆、超人强是超星联盟旗下的超星特工，在星际宇宙中执行着各种维持星系间力量平衡的任务。为了追踪星际盗贼团，追回被偷运的一箱具有能量转化力的超星卜卜，猪猪侠和伙伴们被折叠时空送入了一个未知星域之中失去联系，一大箱被追回的超星卜卜也在传送中下落不明。特工装备全部失效，飞船坠毁，猪猪侠寸步难行。但如果参加空星域赛车巡回大赛，就可以抵达各个地方找回伙伴们和遗落的超星卜卜们，猪猪侠决定一边比赛一边想办法重回超星特工总部。于是一段全新的星际赛车之旅就此展开，猪猪侠将集合车队伙伴，克服各式各样来自赛道环境、机械故障的困难，还要面对五花八门的竞争对手，以及抢夺超星卜卜的星际盗贼团们，开始正义的太空飞车啦
