在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
斗魂大赛开始了，立志要振兴唐门的霍雨浩等人代表唐门参赛，赛前唐门大师兄贝贝意外被魔化的恋人小雅打伤，霍雨浩不得不担任唐门的临时指挥人，在霍雨浩的安排下，唐门一路披荆斩棘，战无不胜。可在八强赛中，霍雨浩率领的唐门却对上了王秋儿带领的史莱克学院。
萧炎为唤醒老师药老，来到帝都参加炼药师大会，却因过人实力而被意图不轨的敌人暗算。危急关头，萧炎力挽狂澜成功夺冠，维护了加玛帝国荣誉。解开心结的萧炎，迎接即将到来的三年之约……
因天书法力消散，守护之地“敦煌”将会有大难降临，舞天姬临危受命，下凡修缮天书。为完善天书法力，则需要重新经历天书中原本记载的故事。舞天姬带着神兽——天使猪猪来到了敦煌古城。正当她对如何开始修复天书一筹莫展之际，却意外误入莫高窟的壁画世界……
音乐公主爱美莉从儿童社会情感发展的角度出发 讲述了来自音乐王国的公主爱美莉在神奇的乐园岛上，与其他六位性格迥异的公主一起互相帮助、快乐成长。
