神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
猩猩博士设计的风力发电站使动物王国内进入电气化时代，但发电站内的重要零件——金轴在某个夜晚失窃，全国陷入黑暗之中。黑熊警长派大名鼎鼎的猴探长负责侦查，后探长和他的好搭档警犬米卡不畏艰险，迎难而上。经过几番较量，终于将幕后黑手绳之以法。 该剧集动员了中国杂技团、上海杂技团、湖南衡阳环球杂技团、沈阳动物园马戏队、深圳野生动物园、福州动物园马戏队、安徽宿县马戏团、武汉动物园等二十余家动物表演团的“动物演员”，先后获得“飞天奖”、“金鹰奖”、“金童奖”、“金帆奖”、“金鹤奖”、“屈原杯创作奖”等诸多奖项，并被十几个国家电视台引进播出。
某日，小学生艾迪收到了一本神秘的“灵感大百科”······当他生活里遇到问题的时候，神奇的“大百科”就会发出光亮，引导艾迪拼装出“机灵道具”和“机器人小伙伴”来解决问题。在萌宠机器人波奇的陪伴下，小艾迪的发明越来越多。从此他和好朋友们开启了无厘头却充满创意的灵感之旅……
