神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
聂离以为银翼世家家主制药为由，带着司空易的亲信离开领地。领地外，聂离和段剑联手制服了他们后，回到银翼世家领地引爆炎爆铭文，被监禁的伙伴们和奴隶借机逃离。银翼世家受到重创，聂离一行人顺利回到光辉之城。
陆国国君身中剧毒，性命危在旦夕，消失5年的儿子陆尘强势归来，一改以往废柴的人设，摇身一变成为实力强横又多金的存在，只见他不费吹灰之力，拯救陆国于水火之中，动动手指便解除老爹身上的奇毒，究竟是什么让陆尘改头换面？听说是有好几个美女师父？
