在一个音之世界，这里的人是由灵魂和音乐晶体两个部分组成。这个世界里有一种神秘的植物能生长出红色的音乐水果，人们都靠其生活。而长出的坏的果实被称为"噪音种子"，大家都不喜欢这东西，将它作为垃圾处理。 一个邪恶的不知道什么名堂的弗兰肯博士发明了一部能分离灵魂和晶体的机器，并用这机器创造出了一种叫Noiseman的神秘音响生命体。博士四处收集噪音种子制作出了一种成长液，培育出了一个超大号Noiseman。但在这次试验中博士不小心让自己给吸入了那个分离机器。分离机一吞一吐丢出两样东西。一边是分离后得出的能发出美妙声音的音乐晶体，另一边则是只剩下灵魂的一脸囧样的小鱼人。Noiseman看到博士被分离后的音乐晶体被深深吸引，对只能发出微弱杂音的小鱼人却极端厌恶。 邪恶古怪的Noiseman手持分离机控制器开始为非作歹，利用分离机制造更多的音乐晶体，摧毁音乐水果树并疯狂扫荡残余小鱼人，控制了整个音之世界。

U.C.0153年，赞斯卡尔帝国大举进攻地球，并将反抗他们的人送上断头台公开处刑，这种残酷的手段激起公愤，神圣军事同盟的地下活动亦开始活发化。13岁的NEWTYPE少年胡索乃非法居住在地球上的众多居民之一，因为没有合法的居住权，所以他们往往在森林等隐蔽的地方居住。胡索与青梅竹马的夏克蒂以及其他一些孤儿在森林中安家，没有父母的他们一直过着平静的生活。然而，某一天赞斯卡尔帝国与神圣军事同盟在该森林中交战，胡索莫名其妙地被卷了进去，驾驶着V高达击退了敌人，自此这帮孩子的命运彻底地改变了。虽然不愿意，但已经无家可归的胡索他们加入了神圣军事同盟，与全部由女性组成的修克拉队共同行动，一次又一次击退了来犯的赞斯卡尔帝国军。取得地面上的胜利后，胡索他们又转战至宇宙，但是在一次交战中夏克蒂被敌人抓走了。原来夏克蒂乃玛莉娅女王的亲生女儿，荷塞想利用玛莉娅和夏克蒂的NEWTYPE能力，集合数万名超能力者的力量，通过天使之环的增幅器向地球发送超声波，令地球上所有的人类大脑死亡，从而达到他独霸地球圈的野心。最后，胡索驾驶着增强型的V2高达，开动光之翼并唤醒夏克蒂的力量，令天使之环分断开来，渐渐飞离地球回到各个卫星，赞斯卡尔帝国亦在光芒中崩溃殆尽……

男の声が画面を通し、不気味に響き渡る。テロリスト・佐藤がその冷酷な素顔をさらけ出した瞬間だった。数日前、佐藤は亜人研究所前で報道陣を相手に、亜人の権利について涙ながらに訴えていた。だが、その会見は人に宛てたものではなかった。日本全国に潜んでいるであろう在野の亜人たちに向けたメッセージだった。佐藤の呼びかけに応じ、集まった亜人は7人。彼らを前に佐藤は、驚くべき計画を告げる。「できる限りのことを、精一杯やるんだ。……大量虐殺だよ」。集められた亜人のひとり・中野攻は、佐藤の冗談とも本気ともつかぬ話に戸惑いを隠せずにいたが……。佐藤対中野攻、戸崎対永井圭、そして、中野攻対永井圭。亜人と人間、亜人と亜人の戦いが、今、始まる――！