1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
在那不久的未来，东京湾内突然坠落了一艘宇宙飞船，发现飞船中乘坐着150名外星人。1年之后，日本政府为那些无法返回故乡星球的宇宙人们颁发市民权。并以“亲爱的朋友们”为名，将他们称呼为“DearS”。 DearS们为了学习日本的语言和日本的风俗，采取了“借宿”制度（住在他人家里）。就这样DearS们伴随着他们的美貌一起渐渐被世人所接受…… 就在这个时候，因一起事故的关系，DearS本部运算的一位少女从货物卡车上掉了出来，随后又被一个普通高中生 几原武哉 给发现……之后被带回了 武哉 的家， 武哉 给这位少女启名为“怜”。惊人的是 怜 1个晚上就学会了日文，最出乎意料的是她一见到 武哉 就叫他“主人”。就这样，两个人开始了异星间交际，而 怜 平时都笨笨的关系，随着周围的人越来越多，总是引起一次又一次的骚乱，并给 武哉 添麻烦……
高中生夏目貴志有靈異體質，能看見別人所看不到的。當他得到祖母玲子的遺物「友人帳」之後，不論白天或晚上，開始有各式各樣的妖怪紛紛找上門！ 原來玲子也和貴志一樣有靈異體質，大家都對她敬而遠之。玲子因為十分寂寞，便到處向妖怪下戰書，並要戰敗的妖怪交出名字，訂立服從的契約。而貴志拿到的，正是這本寫有眾多妖怪名字，能夠號令百妖，力量引人覬覦的「友人帳」！ 貴志在得知事情原委之後，決心要將「友人帳」上的名字一一還給被玲子擊敗的妖怪。而想要不費吹灰之力拿到友人帳的妖怪「貓咪老師」，則自願當保鑣，保護貴志和「友人帳」，共同踏上妖怪之旅！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
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