2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
在一次意外中，乔纳森（兴津和幸 配音）的父亲乔斯达爵士（菅原正志 配音）被陌生少年迪奥布兰度（子安武人 配音）所救，善良的爵士收留了自称无依无靠的迪奥，后者则以养子的身份正式进入了乔斯达家族的大门。在他人的眼中，迪奥是一个优秀正直的少年，可是，只有经历过迪奥残酷欺辱的乔纳森才知道，在迪奥光鲜的面具后面，隐藏着一颗邪恶的心。 果不其然，随着年龄的增长，迪奥开始觊觎起了乔斯达家族的庞大家产。无意间，迪奥发现了能够使人变得强大的石鬼面具，为了获得更多的财富和权力，迪奥毫不犹豫的带上了面具。在成为了恐怖的吸血鬼后，迪奥开始了对乔斯达家族的疯狂报复。为了替父亲和整个家族报仇，乔纳森开始修炼唯一能够打败吸血鬼的波纹气功，面对着强大的敌人极其党羽，乔纳森能够获得最终的胜利吗？
高中生齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！
真城最高（阿部敦 配音）是一个在绘画方面极有天赋的少年，年纪虽小却已经获得了大臣的认可和赏识。可是，从事漫画行业的叔叔之死让他放弃了创作漫画的梦想，封闭起心灵，过起了得过且过的放浪生活，直到好友高木秋人（日野聪 配音）出现在了他的面前。 秋人的梦想是成为一名漫画家，可是，在文学创作上独树一帜他却对漫画一窍不通，在得知了高城的过去后，他向高城发出了邀请：“我写剧本，你创作，让我们成为漫画家吧！”虽然高城心里有千百个不情愿，无奈自己暗恋同班同学亚豆美保（早见沙织 配音）的把柄抓在秋人手上，就这样，两人踏上了成为漫画家的修罗之路，而高城对漫画的热爱也慢慢的被重新点燃了。
曾经，世界面临着被称为「邪龙」的邪恶存在所毁灭。 然而，一个勇者打败了邪龙，拯救了世界。 此后，已经过了将近200年的时间。 在众多的迷宫都市之一的马萨特，住着一个被称为「无能」的男人。 他叫劳斯特，职业是治愈师。 由于他的无能，劳斯特受到其他冒险者的蔑视、利用和抛弃。 他的日子就是这样日复一日的重复着。 某一天，一个少女出现在了劳斯特的面前。 她叫纳尔赛娜，职业是武道家。 纳尔赛娜对刚刚被队伍驱逐的劳斯特说： “哥哥，你愿意和我组队吗？” 如今，劳斯特和纳尔赛娜，两个人的冒险开始了。
解决掉「不净冥王」的驱魔师私塾众人，从京都回到了正十字学园。「校园七大不可思议」、「学园祭」相继到来，等待着他们的，是欢乐的校园生活，与突然袭来的恶意。被拐走的同学、背叛的同伴、启明结社的目的.....危险而刺激的新篇，开幕！
