2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
传说中，世界上存在着名为“第四真祖”的吸血鬼，他的实力之强足以驾驭凶猛的十二眷首，脾性之邪恶即将散播让人类陷入绝望的灾难。为了找到并消灭这即将出现的末世魔王，狮子王机关派遣了名为姬桐雪菜（种田梨沙 配音）的见习剑巫少女，赋予其最强武器灵枪，命其前往弦神市。 让雪菜没有想到的是，传说中阴险可怖的第四真祖，其真实身份竟然是名叫晓古城（细谷佳正 配音）的平凡少年，他就读于私立彩海学园高中，和大多数高中男生一样，每日过着平静的生活。就这样，雪菜来到了晓古城的身边，充满了惊险与波折的“非日常”校园生活就此正式拉开序幕。
残酷的地下格斗继续进行着。 王马第一战虽然赢了，但接下来就要面对吴之一族的强悍对手。王马将要如何杀出重围？
本作是在教育节目《和姐姐唱歌吧！》中负责唱歌的大姐姐高崎三奈美，和想要成为绘本作家的单身父亲藤本翔二之间的恋爱故事。在一天翔二和女儿在家庭餐厅遇到了喝闷酒的三奈美。在得知了三奈美的寂寞后，翔二开始将她作为异性对待。
