故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
真城最高（阿部敦 配音）是一个在绘画方面极有天赋的少年，年纪虽小却已经获得了大臣的认可和赏识。可是，从事漫画行业的叔叔之死让他放弃了创作漫画的梦想，封闭起心灵，过起了得过且过的放浪生活，直到好友高木秋人（日野聪 配音）出现在了他的面前。 秋人的梦想是成为一名漫画家，可是，在文学创作上独树一帜他却对漫画一窍不通，在得知了高城的过去后，他向高城发出了邀请：“我写剧本，你创作，让我们成为漫画家吧！”虽然高城心里有千百个不情愿，无奈自己暗恋同班同学亚豆美保（早见沙织 配音）的把柄抓在秋人手上，就这样，两人踏上了成为漫画家的修罗之路，而高城对漫画的热爱也慢慢的被重新点燃了。
藤桥凉（高森奈津美 配音）是在工厂里上班的女白领，深受下属和同事们的信赖。某日，一个名叫水野飒马（伊东健人 配音）的男人找到了她，拜托她帮忙参加一场联谊会。水野是凉的青梅竹马，两人从很小的时候起就认识了，如今的水野是一名消防员，不知道他成长的过程中遇到了什么变故，导致他现在的性格非常的轻浮，总之对于凉来说，水野并不是一个理想的恋爱对象。 然而，让凉没有想到的是，自己的公寓竟然发生了火灾，房屋尽毁，无奈之下，凉只得暂时搬到了水野家里，两人就这样开始了“同居”生活，凉也因此看到了水野不为人知的另一面。
私立天堂学园顺利入学的主人公秀真子 青空ひまりと星川みつき。 憧憬着爱普莉的ひみの梦ゆめは、 要培养一万个朋友！ 可是，在那个害羞的金乔的阴影里， 可能有点难……。 这样的ひまり没想到要出道了！？ 好朋友心有余悸也说不出话来 “喜鹊”终于出来了！ 可是，不管怎么说 好像有“喜剧”……。 拥抱着Himitsu的Himitsu和Himitsu，两人的Ipri开始了！！
“虫”既不是动物，也不是微生物，而是一种自然界中无处不在的力量，拥有独特的生命形态，偶尔和人类生命产生交汇，便生出一些奇妙的故事。但人们即使得知了“虫”的存在，大部分时候也不知如何应对，这便需要“虫师”出马。 银古就是一位虫师，他一头银发，年纪尚轻，但已经半生游历，经过一个个山野、村庄，为人们解决“虫”的问题，通过和被“虫”困扰的人们接近，他也接近了许多故事。银古的游历像风一样，再惊心动魄的“虫”似乎都融化在水墨样的山峦叠嶂间，芸芸众生也是过眼云烟，淡淡的故事里没有哀伤只有静穆。
人間の住む「物質界アッシャー」 と悪魔が住む「虚無界ゲヘナ」。 本来は干渉することすらできない二つの次元だが、 悪魔はあらゆる物質に憑依し、物質界に干渉していた。 しかし人間の中には、そんな悪魔を祓う「祓魔師エクソシスト」が存在した―― 運命と対峙する霧隠シュラのエピソードや、正十字騎士團の闇が浮かび上がる「雪ノ果篇」。 奥村燐・雪男の出生の秘密――〝青い夜〟の真実に迫る「終夜篇」。 物語はいよいよ「青の祓魔師」の核心を暴き出す――
