《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
11000年前，宇宙高等文明德诺文明爆发内战，烈阳星主神太阳之光毁灭了德诺星系。诺星上将杜卡奥携带德诺星系的神河超级战士基因来到银河系地球。 公元2017年，烈阳星太阳之光蕾娜来到处于核前时代的银河系地球文明，同时隐藏于地球上的神河基因得到了激活，率先觉醒基因的是划破虚空的银河之力和弑神之力诺星战神。与此同时，监视地球神河基因许久的三个集团，天使集团、恶魔集团、超神学院各自行动。华夏超神学院率先迅速行动将分散于地球的神河超级战士聚在超神学院，取名代号——雄兵连，由太阳之光蕾娜担任队长指导战士们进行先进的尖端对抗战术学习。 恶魔女王莫甘娜化名凉冰来到地球暗中传播堕落自由主义，谋划着如何消灭神圣凯莎。 天使集团派出左翼护卫彦为首的代表前往地球，而天使彦告知，冥河文明饕餮先头部队已直逼地球。 同时，天使集团、恶魔集团的行动渐渐浮出了水面……
该片以海洋作为故事上演的舞台，融合了动作、探险、海洋生物科学课程以及学龄前团队协作等内容。 动画讲述了八个可爱小动物组成的海底探险小队的故事。他们居住在神秘基地——章鱼堡，随时准备出发去解决海底遇险、排除海底可能发生的危险。 每集动画都建立在一次探险的基础之上，小队成员发挥自己的特殊本领，克服险境，探索海洋奥妙，发现未知生物。高潮迭起的探险、拯救、保护情节不断激发着孩子们的思考能力，培养他们互相协作友善真诚的团队精神。 本片具有高品质的美术和故事设计，精致的3D动画制作，欢快动人的片尾音乐，将晦涩抽象的知识融入到生动有趣的画面和剧情中，孩子们透过小纵队的视角展开奇妙的世界画卷，感受丰富多彩的自然奇景，在欢乐享受的同时学习到诸多的科普内容，不断找寻着关于人与自然关系的答案，着重强调了团队协作、互相帮助的友谊精神。
转学生云风刚来到新校园，就被一辆从天而降的玩具车砸中。 因为这次“意外”，云风认识了邻居炎辉，也认识了智慧战车。智慧战车是痴迷轨道车的郎教授发明的，百度影音城中富商金老板一直想窃为己有获取利益。在马叔叔的帮助下，云风展示了超强的学习能力，与新朋友天翔和炎辉一起赢得了比赛胜利，没有让金老板的计谋得逞。
