故事发生在科技发达的未来世界，一种名为GGO的迷你足球机器人风靡全球，每一个机器人有一个操纵者，操纵者可以操纵这些机器人进行激烈的足球比赛。高迅的父亲是一名科学家，致力于GGO的研发，在机缘巧合之下，高迅得到了全世界独一无二的第七代GGO潜龙，高迅决定组建一支名为“赤足队”的球队，去赢取世界冠军的头衔。 个性冷静沉默的混血儿奥尼、高迅的青梅竹马的玩伴，坚韧不拔又积极乐观的花王、虽然没有什么雄心壮志但善良乐观的肥宝，大大咧咧不拘小节的猫猫，在高迅的号召下，他的朋友们纷纷加入了战队，大家齐心协力，向着梦想出发。
收服十万年前的诸天大佬们为徒，并拯救她们，修复崩坏的时间线，高冷道尊带领女徒弟们的冒险旅程。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
