神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
本作品围绕着这只“身残志坚”的小柯基MOCO与它的主人YUMMY（雅米），讲述他们时而搞怪、时而温馨的日常。
一夜间惨变孤儿的张小凡被青云门收为弟子，经过五年刻苦修炼，他在师门七脉会武上大放异彩，后被派往空桑山打探魔教行迹，旅程中，他与师姐陆雪琪遭遇危难，并结识救护了魔教女子碧瑶，同时，新的危险也在前方等待着他。
斯靳恒与黎浅洛的婚礼即将举行，就在这时新娘休息室枪声响起……二人的婚礼是否还能继...
皇帝巡海之际，太子建文亲眼目睹了自己亦师亦友的郑提督突然弑君，反被朝廷诬陷为弑父夺位，慌乱中驾驶了青龙灵船逃回泉州欲返回金陵向燕王叔叔，郑提督接受监国燕王的命令回到泉州对建文进行缉拿，建文太子识破之后从泉州开启了往南的逃亡之旅，建文逃亡途中结交了东瀛忍者七里、蒙古水师统领腾格斯，博物学家佛郎机人哈罗德，四人在冒险途中结下了真挚的友情，准备展以南海蓬莱岛最大海盗破军基地为目标的逃亡查明郑提督弑君的真相之旅；此时朝堂内外各方势力蠢蠢欲动，郑提督又该如何在这样的条件下继续保护对自己误解愈深的建文和查探皇帝魔化事件的真相呢？
