神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
伊莱克斯的传奇史诗，重现伟大的死灵圣法神·亡灵天灾伊莱克斯的荣光之路。 从光明信仰走出后，是对束缚的破壁；又在枷锁下被冲击，是时代再一次的闭锁。 原本身为天之骄子，但在帝国利益间伊莱克斯成为威胁统治的存在，随后国家与教廷利用他的爱人将其算计，并毫无犹豫的决定抹杀，最后伊莱克斯凭借一己之力重创这个背叛他的世界，造就了一代传奇。
聂离以为银翼世家家主制药为由，带着司空易的亲信离开领地。领地外，聂离和段剑联手制服了他们后，回到银翼世家领地引爆炎爆铭文，被监禁的伙伴们和奴隶借机逃离。银翼世家受到重创，聂离一行人顺利回到光辉之城。
曾经蓝地星最耀眼的第一宗门星辰宗，意外得到了万界至宝“星辰图”，引来了万界之主的窥视，万界之主为了得到星辰图，诱导星辰宗内的高层前往圣星域，并将他们囚禁在“圣星域”当中。星辰宗只剩下了一个护宗长老诸葛浩瀚以及年少宗主楚星河和几个名年少弟子，因实力不足受到了其他宗门压制，被鹰帮的人夺走了宗门之地，少宗主楚星河为了重新夺回曾经的荣耀，寻找被囚禁的父亲和星辰宗的高层，带领门下几位弟子，连闯十二座星界，打败万界之主的手下十二尊星魂强者，最终也从万界之主救回其父亲和星辰宗所有人。
