神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
林幸一名平平无奇的普通人，一次回家途中受人买了一本“绝世好书”，当他满心期待翻开书目的时候，一阵眩晕，再睁眼的时候发现自己来到一个陌生新奇的世界，而他的人生也从此被改写.....
整个宇宙分为域内宇宙和域外宇宙，两个宇宙彼此为敌，域外宇宙由天魔统治，域内宇宙分为神界，仙界，凡间。 在宇宙中，像天罚大陆这样的凡间位面，数不胜数，其统称为：九天星域。九天星域中，九大仙帝统领九重之中所有星域。九天之上，乃炼仙神域，仙人最终化神之路，必要通过炼仙神域，方能凝聚神格，成为神，到达神界。神界万族林立，各族之神极为强大。在遥远的过去，神界万族，被始源至尊、混沌至尊，还有鸿蒙至尊统领。三大至尊，三足鼎立，统管神界、九天仙界。 鸿蒙神界之主鸿蒙至尊，身份尊贵，属下众多，为神界最强之人，精通天下万术。彼
白糖一行人经历了失去师傅的悲痛之后，他们将这种悲伤转化为力量，成功击败了邪恶的傀儡师。接着，他们踏上了前往小青（王晓彤 配音）故乡——身宗的旅程。身宗四面环海，风景如画，这里的星罗班一行人开始享受难得的宁静和美景。 然而，这段短暂的快乐很快被现实的无奈和艰辛取代。他们面对前所未有的困境，遇到更为强大的敌人，必须作出艰难的道德抉择和正义判断。在残酷的现实和邪恶敌人的磨砺下，星罗班和小青都开始进一步成长和改变。这段旅程不仅考验了他们的意志和能力，也逐渐揭示了小青身世的秘密，让他们的使命和目标变得更加清晰和紧迫。这个故事突显了主人公们在面对挑战和困难时的坚韧与成长，以及他们逐步揭示和理解自己身世秘密的过程。
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