小学时期，四位隶属游泳学会的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，于高中生活变得黯然无光的一位成员七濑遥，于某天突然遇上昔日的战友松冈凛。遥一边怀旧的同时向凛提出挑战，结果被对方压倒性击倒。以此为契机，遥决定跟目前同校的橘真琴和叶月渚重新集结，加上新成员龙崎怜，成立岩鸢高中的首个游泳部。充满跃动感的男子高中生，带着份外瞩目的上半身，展开了这个关于游泳、青春与羁绊的故事……

水とふれあい、水を感じることに特別な思いを持つ七瀬遙。 小学生時代最後に出場した大会でのメドレーリレーで、 橘真琴、葉月渚、松岡凛とともに、遙は「見たことのない景色」にたどり着いた―――。 そして桜が満開の春。 遙は真琴とともに岩鳶中学校へ進学。新たな生活が始まろうとしていた。 水泳部に入部することになった遙と真琴は、椎名旭、桐嶋郁弥と4人で メドレーリレーのチームを組んで試合を目指すことになってしまう。 考え方も目的もバラバラな4人。そして彼らにはそれぞれに抱えた悩みがあった。 そんな中でリレーの練習を重ねるも、上手くいかないままで……。 「チーム」となるために必要なこととは何か。 過去のメドレーリレーに心が囚われたままの遙が新たな場所で何を思うのか―――。 彼らが少しずつ互いを知り、 水泳を通じて新たな思いに気づいていく姿を描く［映画 ハイ☆スピード！－Free! Starting Days－］。 少年たちのみずみずしい青春、水泳にかける彼らの未来が今、始まる。

前回の大会を経て、更に絆を深めた遙、真琴、渚、怜。 いつもと変わらない日常の中、それぞれの成長した姿を見せていた。 一方、凛は過去の自分を乗り越えて自分の夢へと走り出し、 そして新たな仲間と共に最高のチームを作ることを目指す。 岩鳶と鮫柄、仲間と水泳……そして彼らの未来。 彼らは自分自身と向き合い、それぞれの思いを胸に秘めながら、 新たな夏を迎える――。