A.D.2009，在经历了和巨大异星人Zentraedi(ゼントラーディ)的那场近乎导致人类灭亡的星间戦争之后，幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合，开始了以种族延续为目的的银河播种计画。 A.D.2059，人类为寻求可居住的惑星，不断在银河系中探寻新天地。 载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier(25番)，航行于银河系中心附近。 与Frontier临近的21番移民船团Macross Galaxy(マクロス·ギャラクシー)上在住之现役偶像歌手Sheryl Nome(シェリル·ノーム)为举行Live来到Frontier。Ranka Lee(ランカ·リー)在去Live途中邂逅作为飞行员养成生的Alto(早乙女アルト)，三人的不期而遇，彼此的命运从此相互牵系！ 而此时，Frontier遭遇不明敌人的强力攻击，移民船团上的人们又将何去何从？新的Macross物语即将展开！！！

　変わらない日常、閉じこめられたガラス張りの移民船団。西暦2059年、新天地を目指す銀河移民船団「マクロス・フロンティア」で、パイロットを目指す少年「早乙女アルト」は閉塞感を覚えていた。 　そんな時、銀河頂点の歌姫「シェリル・ノーム」のコンサートツアーが船団へやってくる。シェリルに憧れる少女「ランカ・リー」とともに、アルトはコンサート会場にいた。 　突如、重機甲生命体「バジュラ」の襲撃を受け燃え上がる船団。 　少女たちを護るため、アルトは最新型可変戦闘機VF-25に乗り込む。炎を切り裂き飛びゆく先には、宇宙を揺るがす伝説の“歌”と、少女たちにまつわる新たなる『謎』が…！

西历2067年，在人类会失去自我并凶暴化的怪病——"狂暴化症候群"蔓延的银河边境之地。 而作为对抗手段而结成的战术音乐组合「WALKÜRE」为了以歌声平定"狂暴化症候群"——她们在星球间奔波、展开着现场演唱会活动。 另一方，同时，被称为「空中骑士团」的「风之王国」所属瓦尔基里部队开始了行动——。 围绕着史前文化遗产之谜，超越星系的热烈团队合作与恋爱故事拉开了幕布。