美しき吸血鬼に出逢った春休みの後、 空から女の子が降ってくる少し前。 ゴールデンウィーク最初の日、 主人公・阿良々木暦は委員長・羽川翼とともに 車に轢かれた、尾のない猫を埋葬する。 些細でありふれたはずの出来事。 しかし、ここから"悪夢の九日間"が幕を開ける。
刚入读箱庭学园的一年级少女黑神目高，因为本身成绩优秀、运动万能、完美的外表加上身材，以接近100%的支持率成为新一代学生会会长，并和青梅竹马人吉善吉一起解决学生的问题。但在解决不少问题学生的同时，却逐渐接触了由箱庭学园理事长不知火袴所创立的玻璃瓶计划——希望聚集异常者而制造出可以成为天才的技术，于是学生会与异常、超异常、过负荷等等的存在便不断展开。
