这是关于你的故事。 是在你体内的故事—— 人类的细胞数量，约为37兆个（新说）。细胞们在名为身体的世界中，今天也在精神满满无休无眠地工作。运输氧气的红血球、与细菌战斗的白血球……那里有关于细胞们的不为人知的戏剧。随着新的细胞、新的细菌与病毒一起登场的全新展开。
原作第5巻に描かれているエピソードを、2021年1月からのTVアニメ第2期での放送に先がけて劇場上映する「『はたらく細胞!!』最強の敵、再び。体の中は“腸”大騒ぎ！」は2020年9月5日より全国の劇場で公開。 そこは人間の体の中――。 たくさんの細胞たちがはたらいている世界。 ある時、白血球（好中球）と赤血球は、迷子の乳酸菌を保護した一般細胞と出会う。 乳酸菌を仲間のもとに送り届けるため、白血球（好中球）と一般細胞は腸へと向かうことに。 だが、そこに待ち受けていたものは、望まざる最強の敵との再会だった。 「僕とキミたちのどちらが正義か、はっきりさせよう」 再び現れたがん細胞。そして悪玉菌により荒らされる腸内環境。 体内はかつてない大ピンチに!? 「やめるんだ、がん細胞──！」 この世界を守るため、白血球（好中球）たちは世界の命運をかけた大血戦に挑む！
少女早濑真理与她的亲人们将可以通过某些方法来穿梭于过去与现实之间，还在因缘际会下遇见“威廉·吉尔伯特”、“本杰明·富兰克林”和“亚历山德罗·伏打”等著名科学家们，并以此为契机展开一场笑泪交织的的新世代青春爱情科幻喜剧！
