故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是有一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，导致猛烈撞击后引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。 而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子并在坠落山谷后起火燃烧，设计师即场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外，绝对预料不到，但是居然是一场天大阴谋的序幕。 幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”，作为展开阴谋的地点。恰巧柯南、小兰、小五郎等人，参加这艘邮轮的处女航行仪式，小兰更因而深陷险境，情节惊险万分。

　　在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” 　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… 　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质，白马探也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，居然也在此刻现身！柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们，将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近着，当大家就要解开所有的谜题时，却又出现了新的难题。柯南究竟会怎样？？

第14弹围绕柯南和基德展开。大富豪铃木次郎吉向基德发出了挑战书，在飞往大阪的机上放了稀有宝石，他并未打算让基德得逞，柯南等人也一同被邀请前去。以天空为舞台的头脑风暴即将上演，《天空的遇难船》将呈现！

柯南用新一的身份在电话不自愿地约会了小兰，陪她看5月3日的午夜场电影，以便请求小兰替他参加森谷帝二教授举办的茶会。柯南为此十分烦恼，不知如何掩饰他变小的事实。 柯南目送小兰离开后，为此烦恼的柯南接到一个电话，是来历不明的炸弹客挑战柯南！少年侦探团收到的引爆遥控飞机、被安装了炸弹的装小猫的篮子，还有环状线的的炸弹陷阱，大家奋力推理，才及时预防了可能发生的意外。可是，最后发现被安装了炸弹的其实是工藤新一和小兰的约会地点－米花町大楼！柯南该怎么办呢？.......

发生多起音乐家被暗杀的连续杀人事件。 被杀害的被害人，都是著名钢琴家所带领的音乐学院毕业生。 而他一手创立的音乐厅落成启用，首次特地举办音乐会特别邀请柯南一行人担任与会嘉宾。音乐会的焦点在于巴哈所弹奏的管风琴以及世界著名的小提琴“史特拉第瓦里”的音色，再加上具有绝对音感天才歌手的歌声。但是，就在音乐会活动日开始之前，陆续发生多起可疑事件。然而就在活动当天，柯南一行人所在的音乐会会场突然发生大爆炸。没多久，整个会场就被浓烈的火海所包围…。

专针对警察的连续杀人案件发生了，警察内部引起巨大的回响。对于想得到案件情报的小五郎，目暮警部却意外地守口如瓶。看到如此情况的柯南，联想到事情可能和警察部有莫大的关系。然后，下一个被枪击的目标居然是佐藤刑警!刚巧在案发现埸出现的小兰受到案件的刺激而被弄至失忆!犯人为了杀人灭口，于是企图把唯一的目击证人杀害!深知情况严重的柯南，为了保护小兰，不惜孤身犯险去把犯人找出来!

　　太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在 　　过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 　　今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受 愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。 　　到神海岛度假游玩的柯南一行人遇到了一群来寻找财宝的探险人“treasure追求者”。他们中间笼罩着一种非常诡异的气氛。小兰、园子和他们一起潜水的时候遇到了鲨鱼的袭击，尽管小兰和园子侥幸逃脱，但其中一人被鲨鱼袭击死亡。为了探求真相，柯南和灰原一起展开了调查。海底宫殿中究竟隐藏着怎样的秘密？超越了300年时光的暗号，将由柯南为你解开！

薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。 就在同一天，江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰以及少年侦探团的各位一同观摩海上自卫队组织的对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰穗高号，与全国各地聚集来的孩子们一起，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰带来的巨大魄力所震撼。 谁知演习中突发意外，原本虚拟的作战瞬间变成真枪实弹的杀戮。不久，海面上漂浮着的失去左臂的自卫队队员一等海尉笹浦洋介遗体被发现。种种不安与猜测在小兰和少年侦探们的心中蔓延。另一方面，海上自卫队迅速冷静地稳定事态，但始终不能探明敌人的真实身份和他的目标。就在此时，宙斯盾舰上发现了遇害队员的左臂，其配戴的手表指针停止在上午5:30。接二连三的异常事件，迫使大阪府警乘坐直升机赶来，与京都当地的同侪协作展开调查。在此期间，神秘的女性自卫队员藤井七海也登上了宙斯盾舰。 柯南通过随身携带的追踪眼镜、新道具卫星电话手表等装备与灰原哀、阿笠博士取得联系，此外更得到服部平次和远山和叶的协助。最强侦探团全方位通力合作，终于发现了这一系列事件背后的始作俑者——现已秘密潜入军舰内的某国间谍“X”。在此期间，平次和小兰等人的生命相继受到威胁。 X到底有何目的？他的真实身份是什么？自卫队员的左臂以及藤井七海的背后又隐藏怎样的秘密？关系到全日本生死存亡的巨大阴谋，此刻正有条不紊地展开。柯南将于与看不见的敌方间谍进行谍报战，面临危浪绝海的紧急任务。此次柯南能否再次守护朋友，协助海上自卫队保护日本民众免受战争的灾祸？

柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。 杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。 在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶的柯南一行人陷入了危险之中……

　　一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代 表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！ 　　那个男人再次出现在柯南的面前？柯南能守住宝石吗！？……然后？ 　　当然，那个新一绝不是真的。但是，要证明那个新一是假的的话，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白这一点，很大胆的想和小兰在一起，并且肆意推理基德会从房顶来；这时，在树里任主角的舞台上上演了《约瑟芬王妃》的一幕。被柯南看出真实身份的基德，如何盗走这蓝色的宝石呢！？然后，对柯南他们更大的考验是？

     毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川 柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实……

朝仓都知事收到一封神秘的恐吓信，内容为：“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚！”。隔天，由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁。虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是，夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案，并带来更大的灾害，调查朝仓都知事历年事政的柯南，察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的水坝建设案中，怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中，因此决定进行深度搜查。 因为水库的建造，沉入湖底的新泻县北泽村村民迁移到邻近土地已有5年了，在这5周年纪念的日子里聚集了许多人前来参加。可能如推测，犯人就在那人群之中吗？柯南展开事件调查的同时，巧遇5位在8年前就是儿时玩伴的男女相聚在此地。 纠缠他们的黑暗阴影、忌妒、愤恨，以8年前交通死亡事故为契机，一直到水坝建设后的今。然而就在和交通事故发生的同一天，8年前行经悬崖而坠落失去意识的少年冬马醒了过来，对于交通事故发生当日的记忆，有一点一滴逐渐唤醒的冬马有着迫切的危机。果然，在那群儿时玩伴中又有一人遇害，尸体被寻获了，这黑暗阴影也一步步的逼近少年侦探团。

东京、神奈川、静冈、长野等地发生了六宗的杀人事件，由于现场留下了背面刻有字母的麻将牌，因而被认为是由同一案犯制造的广域连续杀人事件。警视厅联合各县警署召开联合搜查会议，毛利小五郎作为特别顾问而加入。 事件中的有着诸如麻将牌的含义、第六名被害者死前遗言“七夕……今……”的含义、被害者的共同点、每名被害者都有一样物品被拿走等等谜团。 会议结束后，柯南得知山村警官听到了某名警察用手机发送邮件时出现了类似《七之子》的按键声（即黑色组织头目的邮件地址），于是连忙追出，发现那名警察乘坐琴酒的车离去。 七夕前一天的7月6日，出现在米花市的一名嫌疑犯在柯南的暗中帮助下被逮捕，贝尔摩特也乔装出现在现场。柯南发现后追问她组织参与本次事件的理由，得知连续杀人事件中的一名被害人是组织的成员，其携带的记录有组织人员名单的记忆卡被犯人拿走了，组织为了要在警察之前从犯人手中拿回记忆卡，派遣了一名代号“爱尔兰”的成员潜入警察内部。而另一方，作为搜查员潜入警方的爱尔兰从警察们的对话中开始怀疑柯南就是工藤新一，于是从柯南和新一的学校中取出两人的指纹，通过利用警察局的电脑进行比对而确信。第二天，柯南得知印有自己指纹的物品从帝丹高中和帝丹小学被盗的，顿时有了强烈的危机感。 不久，出现了第七名受害者。在服部平次的帮助下，柯南终于找到了被害人的共同点，进而判断出还将会有人遇害的地点。 柯南、警察、连续杀人犯以及黑衣人组织，四方都来到了最终目的地——东京塔……

与毛利小五郎有关系的人逐个遭到不明凶徒的袭击。徒袭击后都会留下一张扑克牌，而被认为与曾任荷官且被毛利逮捕的村上丈有关。

某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6、德国的BDN、美国的CIA等各国情报机关，甚至FBI的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中，从公路上坠下。 第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子。定睛一看，她左右眼虹膜的颜色是不同的，即俗称的“Odd Eye”。 可是，女子已是连自己的名字也不记得的失忆状态，所带的手机也已损坏。柯南等人商定帮助她找回记忆，就这样与她一同行动。 而这被贝尔摩德在暗中从头至尾监视着。 随后贝尔摩德拿出了消音器，对着身上的通信器说道—— “我也有这个打算哦，琴酒。”

怪盗基德再度发出预告信，目标竟然是俄罗斯-罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“记忆彩蛋”。柯南与服部联合保护“记忆彩蛋”，但把作案时间推理错误，令基德得逞，但基德于逃走中途被狙击。 自此引出一连串疑问，名侦探柯南，将于大阪解开一连串事件。

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。 但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。 在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......