《科学小飞侠》这部动画的原作是吉田龙夫（漫画家出身，后来投入动画制作而成立龙之子制作，已故），由鸟海尽三与陶山智负责企划。本片当初是以与巨大机械战斗的低年龄向动作片为起点，但在导入公害、科学、战争等现实中的严肃题材，与亲情及角色过去的戏剧性，这些非儿童导向的故事都博得好评，因而得以将预定的一年播映期延长，并成为龙之子制作的SF英雄动画类型经典代表作。

「お前は今日から三か月後、一行瑠璃と恋人同士になる」 京都に暮らす内気な男子高校生・直実の前に、 10年後の未来から来た自分を名乗る青年・ナオミが突然現れる。 ナオミによれば、同級生の瑠璃は直実と結ばれるが、 その後事故によって命を落としてしまうと言う。 「頼む、力を貸してくれ。」 彼女を救う為、 大人になった自分自身を「先生」と呼ぶ、奇妙なバディが誕生する。 しかしその中で直実は、瑠璃に迫る運命、ナオミの真の目的、 そしてこの現実世界に隠された大いなる秘密を知ることになる。 世界がひっくり返る、 新機軸のハイスピードSF青春ラブストーリー。

草薙素子たち公安９課は、難民集団「N」を率いるシマムラタカシと邂逅する 進化の特異点迫る廃墟・東京で、ポスト・ヒューマンのレイドが始まる―― 2045年。全ての国家を震撼させる経済災害「全世界同時デフォルト」の発生と、AIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争“サスティナブル・ウォー”へと突入した。だが人々が、AIによる人類滅亡への危機を日常レベルで実感できるまでには衰退の進んでいない近未来――。 電脳社会に突如出現した新人類“ポスト・ヒューマン”による電脳犯罪を阻止すべく、総理の密命により再び組織される公安9課。日本においてポスト・ヒューマンに覚醒したとされるシマムラタカシの捜索中に失踪したトグサを追い、全身義体のサイボーグ・草薙素子率いる公安9課は、先の大戦で廃墟と化した東京へと向かう。そこで草薙たちを待ち受けていたのは、自らを「N」と名乗る難民集団と、介入するアメリカの特殊部隊だった。奪取された原子力潜水艦による核大戦の危機が迫るなか、公安9課、アメリカ、ポスト・ヒューマンによる三つ巴の戦闘が激化していく――。

恋人の義体技師ホセと逢瀬を交わす草薙素子の元に仲間となったバトーから西ノ内のビルで起きた爆弾テロの急報が届く。 現場に急行し制圧するとテロリストたちはファイア・スターターと噂される超ウィザード級ハッカーにより偽の記憶が植え付けられ、更に主犯のカルディス人の胸にはかつてクザン共和国で起きたカルディス人独立戦争の英雄“スクラサス”のシンボルマークであるティアドロップ・ダガーの刺青が刻まれていた。それを見た素子は「スクラサスは戦争中に死んだはず」と断言する。 同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が殺されていた。 その所持品には“人魚の脚（MERMAID’S LEGS）”という店名の名刺と、“エアリアル”というタグのついた義体の脚部が遺されていた。事件を捜査する新浜県警の刑事トグサは、クザン共和国水企業の代表者サイードにたどり着く。 会議場の爆発物はなにか？　ファイア・スターターの正体とは？　ふたつの事件が交錯するとき、蘇ったスクラサスの狙いが明らかになる――。

故事发生在不远的将来，那时科学技术相当发达，出现了纳米机械和生物电脑，Cyborg义体开始全面普及，整个世界由光和电子连接，人脑也可以直接联入网络。 主人公是专门打击恐怖犯罪的政府直属机关公安九课的刑警巴特。巴特其实也是一个机械化了的人类，他的四肢以及大部分身体都是人造机械代替品。在他的大脑中仅残留微薄的人间记忆，那个叫“素子”的女孩总是浮现在他的脑海中，怎么忘也忘不掉。 某天，一个少女型的玩偶机器人突然失控，杀害了拥有她的主人。“为人类服务而制造的机器人，为什么反过来袭击人类？”为了弄清除原因，巴特和搭档德古沙立即展开调查。进入电脑网络后，巴特的“脑”不断受到无名黑客的攻击，他也在艰难中，一步步接近事情的真相……

公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草薙素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”(并非“信息化的存在”)。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成为身体的材料怎样变化，人类毕竟还是拥有人性，因此各种以电脑为契机的犯罪层出不穷。日本的公安九课是一个高出统治阶层的存在，它的职能就是猎捕一切有关于高级电脑类刑事犯罪者。公安九课所面对的罪犯：有时可能是政府中的高官，有时可能是偷换他人大脑的投机分子，更有可能是身边的同伴；每一次的案件，都是对人类存在的再思考，都可能给队内的每一个队员带来沉重的精神压力。

西暦5012年。 突如地球へと飛来してきた＜エイリアン＞と、 彼らが生み出した＜機械生命体＞により、 人類は絶滅の危機に陥った。 月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、 ＜アンドロイド＞の兵士を用いた反攻作戦を開始。 しかし無限に増殖し続ける＜機械生命体＞を前に、 戦いは膠着状態に陥る。 人類は最終兵器として、 新型のアンドロイド＜ヨルハ＞部隊を 地球へと派遣した。 西暦11945年。 「第243次降下作戦」が決行され、 新たに＜ヨルハ＞部隊の＜2B＞と＜9S＞が 地球へと派遣される。 両名は機械生命体の基幹ユニット＜アダム＞及び ＜イヴ＞の撃破に成功。 これを敵の殲滅、及び永きに亘る 戦争終結への好機と捉えた＜人類軍＞は、 機械生命体に対し総攻撃をかける決断を下す。 これは運命に翻弄された＜アンドロイド＞たちの、 戦いと願いの記録――。