TV动画《剧场版 空之境界》是剧场动画《剧场版 空之境界》的再构成版本，将剧场动画全7章中，以两仪式和黑桐干也为中心的故事提炼出来，将原本倒叙、插叙的章节调整为正叙后，用TV动画的形式播出。

　　“去吧、去吧、去吧、去吧——” 　　我只是这样期望着， 　　期望着这个窗外的世界。 　　只是期望被他带走而已。 　　这是一个发生在夏末，少女们不断飞落跳下相继自杀的故事。少女们，毫无征兆突发性的从废墟大楼的屋顶 　　上跳向天空，随后落下。等待她们的只有死。 　　这些女孩在学校也并无异常，相互间也并非朋友关系。这些一切毫无关联性，连自杀的理由都找不到，完全无法解释的自杀事件逐一被不断报道。但是唯一只有一个人看出了这事件其中的关联性。 　　这个人就是最高位的人偶师、也是一位没有成为魔法使的魔术师 —— 苍崎澄子。 　　或许……“没有理由”就是他们的共通点，其次就是浮游与飞行的差别。 　　而搜索调查这个连续自杀事件的人就是拥有能看见事间万物之死线能力“直死之魔眼”的两仪式。 　　对她而言，有一个与此事件不得不关联起来的理由—— 　　与其说自身这种并不想要获得的能力（直死之魔眼），更令她在意的是用她的眼睛就这样捕捉到了在虚空中飞舞的少女们的幽灵，而这些幽灵到底又在想什么呢？ 　　假设，这或许是到达相同道路同胞们的哀怜，也或者是同族的嫌恶。 　　假设，这或许是来自威胁某种重要存在之人的敌意。 　　换句话说，这是明确的杀意。 　　式就这样前往了那个可怜的大楼现场，而那里等着她的是谁都不知道的，展开着重重包围圈套的序章。

　　我，明明并不想杀人的—— 　　你，并不是那样的啊。 　　看到的瞬间注意到了。不，应该说是看到了。确信是敌人、或者不是而这样充满犹豫否定。 　　并不知道，存在于那里的是所谓自己的境界，却就这样跨越了。在不断被反复的凌辱中，少女只是投出她那无机质的视线而已。 　　让我们假设人的脑内有无数的频道，认定有一个为了适应现实生活而作为最大公约数的频道，那么恐怕大多数的人类都通过这样一个频道去注视这个世界、认知这个世界，所以才能达到共存。 　　但是，却有无论如何都无法与大家保持共存的异常频道，如果那样的频道存在的话——那已经是非人了，不，或许应该称之为“存在不适合者”。 　　并不是说所谓的不适合社会，而意为其存在本身就不适合。 　　或许这样应该称为“超能力者”才更为适合吧。 　　然后这是某一晚发生的事情。在饮酒会归来的下雨之夜，无论怎么看起来都很普通，却有能找到罕见东西才能的黑桐干也，在黑暗中拣到了一位孤身一人的少女。 　　关于“这个能力”，在自己并未注意到所想要寻找的对象时，在寻找之前便会出现……而关于这个事实他本人并不知道。 　　行踪不明的后辈。 　　无法相遇的妹妹与他的友人。 　　别说手足了，连头部都无法保持完整的，因切割而惨死的尸体在今天又增加了一个。 　　当各自只顾自己的方便而行事的话，最终只会到达一个结局——死斗。 　　夏天下雨之夜，瞳孔中映出能将全部都歪曲破坏的少女，与瞳孔中能看见全部之死线的少女，双方充满杀意的对峙。