庆长19年,73岁高龄的德川家康为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。是愚笨的哥哥竹千代,还是天资聪慧的弟弟国千代。在这乱世里第三代将军的继承问题落到了两大忍术宗家--甲贺流和伊贺流的身上。家康决定由两家各派出10名最优秀的忍者(真人电影版中为各5名),进行一场生死大对决,两派之中幸存下来的一方将得到千年的荣禄,并由其支持的一方继承人继承将军的名号。
宫藤芳佳加入了人类防线“第501统合战斗航空团”!……但关键的敌人·涅洛伊却迟迟不来,众人过着并非战斗而是忙于炊事洗衣的每一天。一边被充满个性的队员们折腾得团团转,时而吐槽时而响应,芳佳与愉快的魔女们怪怪的日常开始了!