被勇者队伍开除的驯兽师，邂逅最强种猫耳少女

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……

ここが、私たちの居場所だから                                                                      　　数千を超える学校で形成された巨大な学園都市「キヴォトス」。                                                                      　　ここでは銃を手にした生徒たちの諍いが、日常的な風景になっている。                                                                      　　その中で、砂に包まれた「アビドス高等学校」は廃校の危機に瀕していた。                                                                      　　状況を脱すべく奮闘する「対策委員会」の5人の生徒が、                                                                      　　「先生」と呼ばれる“大人”と出会い、物語は動き始める。

　　“瞒着妻子……会害怕吗？ ” 　　礼司和妻子、亲友夫妇一起访问了旅馆4天3夜。 　　明明是以和妻子生孩子为目的的，却被喝醉了的人妻（青梅竹马）从房间里带走了…… 　　而且本应是贞淑的妻子，在拉门的对面，对挚友……。 　　在本应该是夫妇一起睡觉的被子里，和别的对象依偎在一起的4人 　　沉溺于被禁止的“夫妇联欢旅行”——

　　1943年 欧洲战场局势神秘莫测，卡特兰的异形军横行霸道，不可一世，令世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻，一群少女挺身而出，与邪魔军团展开殊死较量。这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，自远古时代她们便冲锋陷阵，凭借深藏体内的魔力与各种威胁人类存在的怪兽展开搏斗。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下，异形军最终败退，而这群女孩也功成身退，散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳（福圆美里 配音）即是其中的一员，战后她返回故乡扶桑皇国，以成为优秀的医师作为奋斗目标。这一天，扶桑皇国海军学校一号生服部静夏（内田彩 配音）前来拜访，邀请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。
　　身怀绝技的美丽魔法少女们从四面八方再次云集，欢乐玩笑之际，却不知贼心不死的异形军正悄悄逼近……

“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里。” 1998年11月，胭条巴遇到了两仪式并被她吸引。胭条巴每晚都做噩梦，自己犯下的罪行不断重现。两仪式为了调查事件的真相，前往胭条巴的寓所，却不知道，他们不知不觉已经进了敌人的圈套——复杂的“矛盾螺旋”。 而在这一切的背后，是名为荒耶宗莲的男子。他宿命的劲敌是魔术师苍崎橙子，最强的人偶师。伽蓝堂全体出动，赌上性命的战斗即将开始。 「アラヤ、何を求める」「―――真の叡智を」「アラヤ、何処に求める」「―――ただ、己が内にのみ」その男は悠久の時を経て、万物の霊長たる人間の営みに絶望し、その最期を見届けるために、万物の始まりにして終焉である「根源」を渇望して、死の蒐集を始めた。名を荒耶宗蓮という。かつて、彼には遠い異国の学舎(まなびや)でひとりの好敵手がいた。名は蒼崎橙子。3つの原色のうち赤の称号を得た魔術師で封印指定を受けた最高位の人形師。ふたりは、いつかどこかでまみえる宿命だったのだ。その場が、皮肉にも橙子の住む町に建つ、自身も関わった螺旋の地だったのは、常に根源に至ろうとするモノを妨害すべく現れる「抑止力」のなせる技なのかは誰も知る由がなく。抑止力―――そのひとつは、霊長である人間が我が世を存続させるべく、身勝手に願う無意識の集合体。もうひとつは、人間の活動などお構いなしの、この地球が生き延びるための生存本能。果たして、そのどちらかがどう作用したかはわからぬまま、ふたつの不可解な事件が起き、無限に続くはずの日常から外れてしまった存在があった。その名は・・・。両儀の家に生まれ落ちたからこそ得てしまった力と身体を持て余す、両儀式。その肉に未知への扉を見いだす、荒耶宗蓮。彼の企みに気付く、蒼崎橙子。思わぬ事態に翻弄されながらも揺らがない想いを抱く、黒桐幹也。そして式と出逢い心惹かれる、臙条巴。彼らの遭遇は、偶然か必然か。「偶然というのは神秘の隠語だ。知り得ない法則を隠すために偶然性という言葉が駆り出される」橙子の語る言葉の通り、今、誰も知らない、けれどすでに示された路に向かい、それぞれが突き進む。

与著名的硬派SF动画OVA《战斗妖精雪风》拥有同一世界观的美少女战斗机动画《战斗妖精少女》DVD于2006年2月24日发售。 和《雪风》略显沉重的剧情相比，本作是一部以“萌”为主旨的作品。 战斗机美少女化——在《雪风》中登场的战机在本作中将化身为相应的美少女。 主人零是一个没见过什么世面的乡下男孩，所以第一次到东京参加动漫展的他兴奋不已。而这个时候，奇怪的事发生了，当他打开厕所的门走进去后，竟然出现了一个不一样的世界。紧接着零就遭到一位少女(Mave)追杀，就在他以为死定了的时候，一个绿发少女(SuperSylph)突然出现并救了零...随后零又陆续遇到了这个世界里的另外3位少女(Sylphid、Fand-I和Fand-II)，而且零从SuperSylph口中得知这个世界是一个动画迷根据自己的意念创造出来的幻想世界……零在这个世界里将会有怎样的奇遇？这几位少女的命运又会有怎样的发展？……