欢迎来到实力至上主义教室第二季

新ダークヒーラー誕生！                                    
                               　　闇医者ならぬ闇ヒーラーは怪我を治し、人を癒し、世も正す…？                                    
                               　　「お前最近何もしていないよな、ぶっちゃけもういらないんだ」                                    
                               　　冒険者パーティから役立たずと言われ、一枚の金貨を手切れ金に追放された治癒師の青年ゼノス。                                    
                               　　貧民の生まれで、自己流の治癒魔法を使うゼノスは治癒師のライセンスも持たない。行く先をなくしたゼノスが路地を歩いていると、腹を刺された瀕死のエルフの少女リリと出会う。                                    
                               　　「大丈夫だ、この程度なら助かる」                                    
                               　　「……あれ、痛くないし傷もない。なんで元通りになってるの！？」                                    
                               　　貧民街の外れにある廃墟街にひっそりと開業した治療院を舞台に、                                    
                               　　無免許天才治癒師による無自覚最強ファンタジーが始まる―。

　　ここが、私たちの居場所だから
　　数千を超える学校で形成された巨大な学園都市「キヴォトス」。
　　ここでは銃を手にした生徒たちの諍いが、日常的な風景になっている。
　　その中で、砂に包まれた「アビドス高等学校」は廃校の危機に瀕していた。
　　状況を脱すべく奮闘する「対策委員会」の5人の生徒が、
　　「先生」と呼ばれる“大人”と出会い、物語は動き始める。

　　ときは戦国時代(せんごくじだい)。 先祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍者(にんじゃ)の家に生まれた 乱太郎(らんたろう)は、一流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(りょうしん)のきたいをむねに、 忍術学園(にんじゅつがくえん)に入学(にゅうがく)。
　　そこには堺(さかい)の豪商(ごうしょう)のむすこ・しんべヱや、 いくさで親(おや)をなくしながらもたくましく生きるきり丸がいた。
　　忍術学園のせいとは忍者のたまご、『忍たま』とよばれる。 忍術学園には、ナゾの天才(てんさい)忍者だった 学園長(がくえんちょう)をはじめ、 ユニークな先生(せんせい)や上級生(じょうきゅうせい)、 ちょっと手ごわい「くの一教室(きょうしつ)」の女の子たちや 忍犬(にんけん)ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！

为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。                                    
                               由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。                                    
                               只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——

　　知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

“银河天使队”是特兰斯巴尔皇国近卫军所属的特殊部队。任务是收集古代文明遗留下的“遗失科技”。但是实际上，从猫的搜索、VIP和犯罪者的护送、垃圾处理到钉在行星上的钉子的拔除，可谓是无所不做的万事屋。