主角本田吾郎的父亲本田茂治本来是职业棒球选手，自幼丧母，但是六岁时父亲在比赛中被乔吉普森(原译:约翰吉布森)的触身球击中头部而脑血肿而过世。其后吾郎的幼稚园老师星野桃子(茂治的女友)便收养吾郎，九岁时茂野英毅（父亲的同学，同样是职业棒球选手）与星野桃子结婚，本田吾郎姓氏便改为茂野，历经少棒联盟与高中棒球时代，进入美国大联盟挑战的成长历程。 励志+亲情+友情的故事！
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
故事舞台在一所名为龙鸣馆的高校，转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的近卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措，但为了喜欢的话剧，为建立话剧部而来到学生会室，这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。更糟的是，和过去有某种缘分的青梅竹马对马雷奥发生了最糟的重逢…… 武义高强的学生会风纪委员铁乙女；品学兼优，但又毒口、H的学生会长雾夜艾利卡；沉默寡言、性格孤僻，对X知识无知到发指的下级生椰子和美。还有青梅竹马的平胸受萝莉和治愈系亲友团路人女。
故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪（水濑祈 配音）天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃（小泽亚李 配音）踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里（市道真央 配音）温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪（高桥李依 配音）外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。 空无一人的校园，破败不堪的教室，四处游走的行尸，究竟哪一个是幻想，哪一个是真实？巨大的灾难面前，少女们将恐惧化作力量，尽各自的所能，目的只有一个，那就是活得更久，更快乐。
私立樱才学园本是一所女子高校，然而，在社会大趋势的冲击之下，校方决定打开大门，迎接男生们的到来。第一年，学校录取的男生仅有区区二十八人，他们所要面对的，是泱泱五百二十四位“如狼似虎”的女生们。津田隆利（浅沼晋太郎 配音）就是这二十八人中的一员，机缘巧合之下，他误打误撞加入了学生会之中。 外表端庄秀丽，却有着极大脑洞和极强妄想能力的学生会会长天草筱（日笠阳子 配音）、个性成熟可靠但有时候会语出惊人的七条天空（佐藤聪美 配音）、智商超哥但个性如同小学生一样傲娇的荻村铃（矢作纱友里 配音），在三位古灵精怪的女孩子的陪伴下，津田的校园生活正式拉开序幕。
