请问您今天要来点兔子吗？

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

　　上杉达也（三矢雄二 配音）和上杉和也（难波圭一 配音）是一对孪生兄弟，与住在隔壁的浅仓南（日高法子 配音）从小一起长大。三人都进入了明青学园就读。虽为双胞胎，但达也和和也的性格全然相反。和也是学校女生的偶像，棒球队的王牌；而达也则懒散，对什么都满不在乎。学校里，和也和小南是公认的完美的一对。达也也觉得二人的般配，只在心里默默的喜欢着小南。但小南则似乎总是有意无意的接近关心着达也。
　　和也率领着棒球队打到了进入甲子园的关键一战，在决赛的前晚，和也表达了对小南的爱意，但小南并未回应。第二天早晨，一切亦如往昔，但变化说来就来。在去集合的路上，因救小孩而出车祸的和也抢救无效，长眠在了夺取胜利的路上，也终止了带小南去甲子园的约定。在这个悲伤的夏天，达也决定拾起弟弟未完成的梦想，加入了棒球社。去往甲子园的路漫长而曲折，小南也璀璨如遥远的星，但一步步坚定的前进终将会迎来Touch到他们的一天。

　　银河鲸鱼并非像传闻中那样是无意识的植物生命体，它们有着人类无法理解的高智慧。
　　特别是其中一条最大的白鲸，它永远在伫列中保护同伴。
　　鲸鱼每年回游是来为同伴送葬，他们中活满七千岁的要降落在“鲸鱼的坟场”化为无机能量。
　　而白鲸则是同伴的守护使者，它违背了七千岁的规律已经活了几百万年之久......
　　在银河边缘的 67 惑星域，有一颗小小的卓拉星。
　　每年固定的时间，“银河鲸鱼”就成群地向这里回游，成为这里一个着名的景观。
　　所谓“鲸鱼”并不是指那些海洋中的哺乳类，“银河鲸鱼”是一种类似大型真菌的植物体。
　　在它们的身体里充斥着大量的能量体，是上佳的宇宙船燃料。
　　也因此它们成为偷猎者竞相追逐的目标。
　　在卓拉星的鲸鱼回游季节里每年都会有大批的偷猎者赶来，为了利益，他们不惜与当地宇宙防卫队战斗。
　　他们驾驶着老旧的变形战机（多是 VF-1）冲向鲸群。
　　就在这样一个多事的季节里，手拿吉它的问题少年来到了卓拉，他就是“火焰乐队”的巴萨拉......

　　1989年，日本。
　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

　　藏原走（大冢刚央 配音）是一名性格非常内向的大学一年级男生，不善言辞的他总是习惯用跑步来抒发内心里的情感波动。一天深夜，正在跑步的阿走遇见了名叫清濑灰二（丰永利行 配音）的男子，这个散发着独特魅力的男人主动向阿走搭话，并且向阿走介绍了他所居住的名为竹青庄的公寓。                                    
                               　　就这样，阿走在半推半就之下成为了竹青庄的第10名住户。虽然日常打打闹闹但相互非常信赖的城太郎兄弟、被称之为神童，但阿走却觉得他有些古怪的杉山高志（内山昂辉 配音）、热衷于看电视猜谜节目的坂口洋平（北泽力 配音）、性格轻浮却异常讨厌烟味的高材生岩仓雪彦（兴津和幸 配音），和阿走共享着这幢破旧的公寓的，是这些性格稀奇古怪的人们。

　　住在意大利那不勒斯的青年乔鲁诺·乔巴拿，是继承了乔斯达家宿敌·DIO之血脉的儿子。
　　幼年时遭受迫害而自暴自弃的他，由于拯救了一名黑帮男子，而学到了“相信他人”。不忘恩义、带着敬意对待自己的黑帮，让他的心变得率直。就这样，乔鲁诺开始对“黑帮明星”怀有憧憬。15岁的乔鲁诺，与统领意大利黑社会的黑帮组织“热情”一同引发事端，并成为被盯上的目标……