在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
从小时候起一直青梅竹马的6人，却在升上高中之后彼此有了距离。不太与人们接触的主角宿海仁太、有点被小太妹熏染的安城鸣子、进入重点高中的松雪集与鹤见知利子、放弃读高中而展开旅行的久川铁道、只有幼年死去的本间芽衣子（灵魂，只有仁太能看见）还是一如从前。有一天，芽衣子对仁太说：“帮我实现一个愿望吧”。仁太虽然有点为难，却还是答应帮助面码实现愿望。以此为契机，为了实现芽衣子的愿望，分散在各处的大家又再次地聚集在一起。
《潘朵拉之心》的故事主角「奥兹贝萨流士」，在15岁的成人仪式上遭遇到血红般的灾厄，為了莫须有的罪名，奥兹跌入永远的黑暗牢狱「阿嵬茨」。在阿嵬茨裡奥兹遇到了被称之為「血染之黑兔」的「艾莉丝」，并藉著与她订下契约逃脱牢狱。之后奥兹开始追寻自己被使者判刑的理由，艾莉丝则追寻自己丧失的记忆。
