所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
作为学校成绩名列前茅的水谷雫（户松遥 配音），实际上却有着和可爱外表超级不相配的冷漠性格。在她的眼里，将书读好，把钱赚够，这就是她梦寐以求的生活，至于其它的一切，都不过是会干扰她向目标迈进的浮云罢了。就是这样的雫，居然接到了一个非常棘手的麻烦——去给学校闻名遐迩的不良少年吉田春（铃木达央 配音）送讲义！ 虽然初次的相处并不愉快，但随着接触的深入，雫发现，吉田春并不如表面上所看到的那样乖僻的粗暴，正相反，在他高大的躯壳里，居然藏着一颗害怕伤害他人的善良的心。因为害怕伤害，所以索性就全然拒绝，这就是吉田的处事哲学。而对于吉田来说，曾经看不上眼的优等生雫，也有着天真和细腻的一面。这样的两人在误解中渐渐的相互吸引着，再加上周围一帮稀奇古怪的损友们，甜蜜又青涩的校园恋爱剧就此拉开序幕。
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境
由布院烟（梅原裕一郎 配音）和鬼怒川热史（西山宏太朗 配音）是眉难高中地球防卫部的部员，一天，当他们在澡堂泡澡时，邂逅了一只名为翁巴特（麦人 配音）的神秘生物，它竟然向由布院烟和鬼怒川热史提出了想要让他们帮助他它保护地球的离谱要求。 第二天，在学校里，两人再一次见到了翁巴特，翁巴特给他们戴上了神秘的手环并且签订了契约，哪知道戴上手环之后，他们竟然拥有了变身成为魔法少女的超能力。同样拥有这种能力的，还有笨蛋一年级生箱根有基（山本和臣 配音）、对金钱有着无限渴望的鸣子硫黄（白井悠介 配音）以及在学校里人气极高的藏王立（增田俊树 配音）。
一诚和莉雅丝、爱西亚、朱乃、小猫、杰诺瓦同在一个屋檐下，尽情享受着同居生活。但这样平稳的日常生活持续不久，超自然研究部利用暑假前往冥界。一诚等人一到达冥界就在阿萨谢尔的命令下进行严苛的修行，而一行人当中只有小猫对自己的力量没有自信。某天，恶魔、天使、堕天使三大势力以及北欧神族阿斯加德举行了对恐怖对策的会议。但在背后，瓦利所率领的祸之团，以及小猫的姐姐黑歌开始展开危险的行动……
永远的“6时59分”开始了—— 在佑河家有着代代相传的止界术使用止界术，能够进入森罗万象尽数停止的“止界”。某天，主人公树里的外甥和哥哥，被诱拐犯绑架了。她为了救出他们而不得已使用了“止界术”，却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的“真纯实爱会”。围绕着使用止界术时所必需的“石头”，止界之谜、佑河家之谜逐渐浮出水面……
