魔法少女奈叶

　　打着人类世界最后的故事之旗号，描绘了某一天因未知病毒的肆虐，人类面临着灭亡的窘境。此时，只有13岁以下的孩子们不会被病毒所感染，而这些孩子被从地下都市出现的吸血鬼所囚禁，并作为血液的供方用于饲养家畜。两位主人公——百夜优一郎和百夜米迦尔试图逃离，结果只有前...                        

　　一晃眼二十年过去，某日，初音岛风见学园的官方新闻部的权威遭到了非官方部的大胆挑战，毕业季在即，毕业季特刊的出版成为了部里的头等大事，这一次，部长森园立夏（新田惠海 配音）决心去调查那颗传说中永不凋零的樱花树，以“魔法”作为杂志的主题。
　　作为新闻部里唯一的男性，芳乃清隆（小野友树 配音）自然肩负重任，温柔美丽善解人意的芳乃夏露露（宫崎羽衣 配音）、清隆青梅竹马的玩伴葛木姬乃（佐佐木未来 配音）、个性较真而又傲娇的瑠川纱罗（樱咲千依 配音）、身体孱弱个性内向的阳之下葵（海保绘果 配音），在这些新闻部同僚的帮助下，清隆会交出一份怎样的答卷呢？

　　现世的故事发生地点在日本，男主角馆正成的父母在他11岁那年死于恐怖分子的爆炸事件中，身后遗留下一栋大房子和一大笔遗产。馆是一个极富理想的乐天派，总认为世界上所有的不平都一定可以解决，他认为要改变这个世界必须从教育做起，于是擅于美术的他立志要当个美术老师。
　　馆在大学时代参加服务性质的社团，并且志愿到国外，担任帮助清除因油轮沉没所留在海面上的油污之义工，而因此认识一同担任义工的女主角桐竹由花。她后来成为一名自由撰稿的杂志记者，并与馆正成订下婚约。
　　馆正成有一位慈善家叔叔正觊觎他父母的遗产，每每劝他进自己的公司工作，并常常资助他金钱。馆心理很清楚他的目的，所以拒绝这位叔叔。馆的叔叔看中他的那种理想乐天、但不向强势低头的性格，透过他的手下请他做调查海洋污染的工作。不知情的馆正成接下了这个工作，却遭到辐射感染，同时发现这正是他叔叔的陷阱。他虽然通过教师资格考试，却身染重病而使他绝望。在绝望中，属于前世古印加帝国（塔汪汀苏）的战士亚瓦尔的记忆逐渐复苏。
　　另一位男主角三浦恭资在国中时很叛逆，他总是以为没有人能了解自己，对于父母与社会教给他的那些礼教不屑一顾而到处惹事生非，直到有一天遇到美术兼学校剑道社指导老师馆正成，他的剑道武技让三浦恭资心服口服，从此拜他为师学习剑道。
　　在一次全国剑道比赛当中由于馆正成异常的伤人举动，使得三浦恭资非常担心。但是他并没有觉醒—三浦恭资的前世是印加帝国的另一个战士比鲁卡。桐竹由花被杂志社派遣至印加帝国的所在地—秘鲁采访，三浦恭资要求随行，才慢慢的发现自己的前世，但是他始终不愿意承认。
　　在印加帝国的前世里，比鲁卡原本是要献祭的小孩，他从小失怙。为救青梅竹马阿古莉亚(桐竹由花的前世)而杀人，后来在祭坛前被豹神翁沙所救。祭司们认为竟然有豹神相救，一定不是普通人，而且看出他有战士的资质，所以请剑术高超的贵族战士亚瓦尔训练他，亚瓦尔和比鲁卡因此成为好朋友。
　　由于太阳神的神力伊列塔瑟的力量逐渐转弱，祭司们认为要挑选一位太阳贞女才能重新唤起他的力量。亚瓦尔也爱上了阿古莉雅，但是她不幸被选中成为唤醒伊列塔瑟的太阳贞女。亚瓦尔是个有地位、有名声的贵族战士，不知情的比鲁卡认为阿古莉雅如果嫁给他才会得到幸福，因为自己只是身份卑微、孤苦无依的牧童而已。
　　基特王国 (另译基图)这时想要抢夺伊列塔瑟的力量，于是塔汪汀苏（即印加帝国）决定出兵平定。亚瓦尔不愿意放弃阿古莉雅，但是王子瓦思卡尔并不允许。亚瓦尔原本是一个小国的王子，在塔汪汀苏大军征服之后被俘虏，他之所以会有今天的身份地位与名声都是拜瓦思卡尔所赐。印加王任命比鲁卡为另一位王子亚达瓦帕麾下效命，亚瓦尔也投身于瓦思卡尔王子的军队中。当比鲁卡得知阿古莉雅被选为太阳贞女后，对亚瓦尔没有尽到保护的责任非常不谅解。其实亚瓦尔也是无能为力的，只能眼睁睁看着他心爱的人被送上祭坛。
　　经过激烈的战斗，塔汪汀苏终于征服了基特王国，但是比鲁卡也身受重伤。这时老王瓦讷卡巴克（另译瓦伊纳?卡帕克）驾崩，两位王子为了争夺伊列塔瑟以继承王位而爆发内战。然而亚瓦尔却趁情势混乱的时候夺取伊列塔瑟的力量，意欲将混乱的世界毁灭，以重新建立自己心目中的理想国度，引发比鲁卡的反对与阻止，两人成为敌人，最后也都牺牲了。
　　接着恩怨持续转承至现代，那些在馆与三浦周围，其前世同样为印加帝国的战士与神官的人们也逐渐苏醒了。馆意图重新发动伊列塔瑟的力量毁灭世界，三浦欲再度阻止，那些觉醒的人们分别支持他们两人的作法而形成两边敌对的阵营互相斗争，三浦恭资在自己与比鲁卡、杀与不杀自己恩师的矛盾之中，要如何解除这个危机呢？

在电视动画系列准备播放最后动画结束的第十三话时，京都动画另外要求原本系列动画制作人员以及角色配音人员另外推出特别篇“AIR in Summer”，在《山路～mountain path～》（やまみち～mountain path～）与《天地～universe～》（あめつち～universe～）。其中尽管在《AIR》的电视动画版本中已经有提到“Summer篇”的剧情，但是实际上动画的故事内容仍然比游戏的故事内容删减许多。因此这2话的内容中便是直接从原先动画第八话开始，扩充原本于第九话和第十话的“SUMMER篇”角色故事部分。内容则是以柳也作为主要观看事件的人物，描述在与神奈以及里叶出发去寻找八百比丘尼的旅途中所发生的故事。特别篇的动画在经过更加精细的制作后，于2005年8月28日和9月4日同样于在BS-i上首次播出。