能继续奔跑下去真是太好了。

这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。

15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 　　有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 　　他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。

故事开始于冰冷而又黑暗的王国纳里亚蒂亚，为了令这个国家重新燃起生命的气息，王子命令Animaru（石馆光太郎 配音）前往人间，去寻找传说中的战士。                                                                      　　个性天真开朗，阳光乐观的丽（深川芹亚 配音）、看上去十分傲娇，但实际上非常会照顾人的花日（古贺葵 配音）、个性冒冒失失但成绩却十分优秀的稻穗（桑原由气 配音）成为了三名被Animaru选中的魔法少女。纳里亚蒂亚王国状况的日益恶化会影响到人类世界的运作，所以，三个女孩身上背负的，不仅仅是保护纳里亚蒂亚王国的任务，还有保护全人类。为了收集魔力，女孩们必须让更多的人绽放笑容。