故事讲述了一位职业工口小说家兼高中生芥川丈途进入了私立高中闪学园，并遇到了多位性格强烈的学生，在各种危机中与这些同学同心协力共同进退，是一个充满了欢乐搞笑又擦边球满载的校园故事。
故事以史上首个自律人型AI「Vivy」为主角，是以「歌声带给众人幸福」为使命的「歌姬」。某日自称来自100年后的AI「松本（マツモト）」突然出现，并表示自己将与Vivy共同修正历史、避免100年后人类与AI发生战争，使Vivy踏上破坏AI的旅途。
利用检测杀意的系统“罔象女”搜查犯罪事件的组织，通称“仓”。 然后，神探·酒井户身为“罔象女”的驾驶员进入犯人的深层心理“杀意世界（井）”，对事件进行推理。 他不断追寻着频繁发生、谜团重重的凶恶事件，以及在其中若隐若现的连续杀人鬼制造者“约翰·沃克”的影子。
“瞧一瞧看一看，暗芝居表演开始喽~” 伴随着稀疏冷清的鼓声，江湖艺人（津田宽治 配音）鬼魅的吆喝声再度响起，充满好奇心的孩子从四面八方聚过来，一同观看哪一个有一个让人胆战心惊并且回味起来已经冷汗直冒的恐怖故事。承接第一季，《暗芝居》的故事继续以洋片（紙芝居）的表现形式讲述短小精悍的恐怖故事，而此次制作阵容得到壮大，在恐怖领域占有重要席位的清水崇（《咒怨》）、井口升（《无限富江》）等导演相继加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。片尾曲方面，初音带来的《四十九日目》，其邪典气息不逊于前作。此外，官网依然不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者们继续在幽暗的世界里徜徉。
全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭，被它啃咬的人似乎也会在死过一次之后复生，并开始袭击人类。之后被称为卡巴内的这些怪物爆发性地增殖，并覆盖了全世界。 远东岛国日本的人们，为了对抗卡巴内的威胁而在各地建造名为“驿”的城寨，并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸汽机车（通称骏城），驿之间通过各自生产物的融通，总算是保证了生活。 住在以炼铁和蒸汽机的生产为业的显金驿的蒸汽锻冶少年，生驹。他为了打倒卡巴内，开发出独自的武器“贯筒”，同时期盼着有朝一日能够发挥出自己的力量。 某天，穿越前线的骏城之一甲铁城来到了显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到了从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。 当晚，生驹与自称为无名的那位白天的少女再会，此时骏城突然暴走并突入了显金驿。乘务员全灭，而且全部变成了卡巴内！ 卡巴内从显金驿中溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，我要，我要用贯筒打倒卡巴内！ ——于是，为了成为真正能闪耀光辉的男人，生驹的战斗开始了。
桐人为了调查枪与钢铁的VRMMO「Gun Gale Online」里所发生的“死枪”事件而登陆了该游戏。 桐人将自己在ALO里的游戏转移到GGO里后，虽然遇上了乍看之下很容易被误认为是美少女角色的麻烦，但在经过狙击手少女诗乃的引导之后，顺利参加了决定最强枪手的PvP淘汰 赛“BoB”。 桐人在这个被枪支配的世界里，成为了唯一使用光剑战斗，并不断在“BoB”里获胜的知名角色。 他独特的战斗方式成为了玩家间讨论的焦点，知名度也不断上升。 次日，隔天举办的“BoB”正式大赛开始了。在聚集了许多强敌的“多人大混战”中，“死枪”终于现出身影。 “死枪”究竟是什么人？ “虚拟世界”真的能对“真实世界”产生影响吗？ 桐人即将独自挑战“死枪”！
随心所欲过着独居生活的男子高中生龙己，在某天帮助了倒在河川旁美青年若狭，但没想到的是他竟然是一条人鱼，而且很喜欢龙己家里的浴室的他决定在那儿定居。就这样，有点任性可爱、寄食的若狭与冷漠但又助人为乐的龙己的同居生活正式开演。
