主角樱羽一时是一个普通的男孩，他本来认为忍者是不存在的。 他本应该过着正常，幸福与美好的日子...... 有一天，一时被人盯上了性命，并得知这都是甲贺忍者的所作所为。 为什么一时会被人盯上呢？因为他是伊贺忍者的第十九代合法继承人！ 伊贺和甲贺长年来处于对立的立场，甲贺一直都想要侵略伊贺。 一时为了活下去，也只能让自己成为忍者！ 就这样，一时投身到了无人知晓的忍者世界中。 为了成为一个成熟的忍者，不断地学习、战斗，直面困难。 但这只是一时残酷命运的开始……
在计算机宅男阿学遭到混混纠缠时，出手救了他的是隔壁班素昧平生的阿阳。脑子动得快、八面玲珑、做坏事却不懂得踩剎车的阿阳，与有着沟通障碍、计算机知识却非常丰富的阿学，两人就此结下不解之缘，成为互补的最强搭档。毕业后，两人决定白手起家创业，一起赚到能买到世界上任何想要东西的「一兆美元」！为此，他们决定挑战世界级黑客大赛SECCHAM……！
