这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
时值19世纪末，大不列颠盛世的伦敦—— 莫里亚蒂伯爵家长子‧艾伯特非常厌恶深植于这国家的阶级制度。而在结识了家中从孤儿院收养来的一对兄弟后，他决定推动净化世界的壮阔计划。名侦探夏洛克‧福尔摩斯的宿敌·莫里亚蒂教授背后不为人知的故事正式揭幕！
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
这部《魔胎传》有两集，分别是上集《狂王復活への祈り》和下集《新宿摩天楼大戦 》。有些人说剧情不衔接之前三部曲这是事实，但其实这部的故事设定发生在之前三部曲之间，相当于是补了一作插叙，目的是为创造出“狂王”这个可以对抗超神的力量好让剧情得以延续下去。
人類は『空間震』と呼ばれる新たな災害に見舞われていた。 空間を揺るがし、あらゆるものを破壊し尽くすその災厄は、 精霊と呼ばれる存在が臨界から顕現することにより発生するものだった。 空間震を止め、災厄を人類から退けるために必要とされる措置は、 武力をもって精霊を殲滅する、もしくは—— 『デートしてデレさせる』！ 精霊をデレさせ、更に『キス』をすることでその力を封印できる—— そんな能力を持っている高校生・五河士道。 人類の平和のため、なにより精霊たちを救うため—— 士道は彼女たちとの『デート』に奔走する。 士道に心を開いた精霊・十香、四糸乃、琴里、耶具矢、夕弦、美九。 精霊を殲滅するべく動く＜ＡＳＴ＞。精霊を利用せんとする＜ＤＥＭ＞。 精霊との対話を試みる＜ラタトスク＞。 そして、デレさせるべき新たな精霊—— すべてを巻き込み、新たな戦争＜デート＞が始まる——
