天体的秩序

天医会综合医院，统括诊断部。 这里汇聚了其他医生认为“难以诊断”的患者。 甚至连警方都束手无策的“杀人案件”与“谜团”也…… 天才医生天久鹰央将揭开这些离奇“疾病”背后隐藏的惊人真相！ “这个疾病（谜题），由我来下诊断——！！”

　　本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏最终路线“HF线”动画剧场版全三部作品中的第二章。通过女主角间桐樱的视角，讲述了御主和英灵为了得到可以实现一切愿望的圣杯而相互厮杀的一场战争。
　　时隔10年在冬木市爆发的这场“圣杯战争”中，因被称为“圣杯战争”御三家之一的间桐家的当家·间桐脏砚的参战而变得更畸形、扭曲和恶化。作为御主参战的卫宫士郎也在战斗中负伤还失去了英灵Saber，尽管如此士郎为了守护间桐樱，并没有从战斗中引身退出。而担心士郎身体的樱，自己也无法逃离魔法师的宿命……

　　就读于贵族名校——都会学院的少女藤之宫千岁（宫千岁）高傲蛮横，但在父亲过世后，藤之宫家的企业也随之破产，财产流失殆尽，留给千岁的只有一条会飞的粉红金鱼金比（小豆豆）。此后她被迫离开都会学院，来到一所即将拆除的乡下学校就读。
　　转校当天，千岁发现家族律师田中山（田大山）扣起了父亲数百万的财产，于是灰姑娘陡然暴富。但她恨透了都会学院学生会长由莉香（管萍香）的嘴脸，遂决定重见这所乡村中学。在此期间，她结识了华美子（娃娃）、葵彦（夏天葵）、秀一（林秀山）、不良牛歪歪等一班奇奇怪怪却心地善良的好朋友，他们之间发生了无数有趣的事情……

伊藤启太（福山润 配音）是一个身世极其普通的少年，可是某一日，平凡的他居然收到了来自于超级贵族学校BL学院的入学通知书，怀着忐忑的心情，启太成为了这所豪华男校的一份子。在学校中，启太很快就结识了一群个性可爱的朋友们，甚至与童年的玩伴远藤和希（樱井孝宏 配音）重逢了。此外，还有超级以自我为中心的学生会会长丹羽哲也（小西克辛 配音），个性精明强干的副会长中岛英明（森川智之 配音），外表花哨华丽的“女王”西园寺都（神谷浩史 配音）和其副官——待人谦和彬彬有礼的七条臣（坪井智浩 配音），身为学院新人，启太受到了他们的诸多照顾。                                                                      　　由于不符合入学条件，启太即将被迫退学，正当大家为了留住启太而拼命努力的时候，启太发现，自己被卷入了一个逻辑缜密的阴谋之中。

　　人声鼎沸的赛场中，正在进行一场激烈的男女混合双打比赛。虽然结果早已内定，但是男组一方的面具男M意外击败女组。为了避免老板追杀，他和搭档落荒而逃，临行之际还不忘捎上心仪的对手S女士的玩具人偶。趁着夜色，他回到了从小生长的孤儿院。所谓孤儿院实际就是岌岌可危的破屋子，由好心的修女经营。面具男与孩子们快乐玩耍，同时见到了新来的美丽年轻修女。孤儿院愈加简陋，继续修缮，而丢掉工作的面具男却无计可施。就在此时，他接到老板打来的电话，原来S女士向他发起挑战，两人即将进行一场无规则大赛，获胜者将得到五千万日元的奖金。
　　为了给孩子们修房子，当然也为了见到梦寐以求的S女士，面具男M再度登上擂台……

　　作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样kkju.cc每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——

在莉莉安女子学园，有一个传统，被称为该sœur系统（sœur在法文中解作“姊妹”），其中二或三年级的学生会给予一个低年级生一串念珠，而低年级生就会成为她的妹妹，身为姊姊的高年级生须承诺会照顾妹妹，并教导他们。 当故事开始时，福泽祐巳像其他学生一样在学校入口附近的圣母玛利亚雕像祈祷之后，遇到二年级生小笠原祥子，祥子只是轻轻走近帮祐巳整理丝带。这看似简单的行为，被祐巳的朋友茑子拍下，茑子为了可以在学园祭上登出这张照片，在那天放学后强行拉祐巳到蔷薇之馆。不过祐巳在蔷薇之馆的会议室门口被正要冲出来的祥子撞个正著，祥子见到祐巳，就要求她当自己的妹妹。原来祥子被要求在学园祭上的话剧当女主角，但由于祥子十分讨厌男生，所以不愿参与演出，祥子的姊姊说：“没有妹妹的人没资格发表意见。”祥子巧遇祐巳，正好有了妹妹的理想人选。祐巳一开始认为自己没有资格担入祥子的妹妹，可是经历了几件事之后，二人终于打破障碍，成为姊妹。 后来祐巳就在山百合会帮忙，协助蔷薇大人们处理学生会的事宜，并和岛津由乃和藤堂志摩子成为好友。透过情人节和毕业典礼等活动，在圣母玛利亚的面前，大家成为好友。玛利亚的凝望的故事，就是围绕着山百合会的女孩们的小故事。