作为春名露（池泽春菜 配音）的宠物，哈姆太郎（间宫久留美 配音）是一只外表可爱内心单纯又充满着好奇心的黄金鼠，虽然和主人之间无法用语言交流，但两人深厚的感情溢于言表。这一次，哈姆太郎跟随着主人来到了一座新的城市，对于哈姆太郎来说，这无疑是一场为大冒险的开端。 在新家里，哈姆太郎结识了许多有趣的朋友。来自法国的丽丽（村井每早 配音）似乎对哈姆太郎有着爱慕的感情；野生的大将（伊藤健太郎）总是充当着首领的角色；贪吃又可爱的哆哆（爱河里花子 配音）依旧捧着它的葵花籽。越来越多的朋友加入了哈姆太郎的大家庭，它们建立的哈姆哈之树更是成为了大家欢聚一堂的据点。有了这些朋友的陪伴，哈姆太郎快乐的生活开始了。
在近未來的東京，人來人往的街道上突現出現了黑點，而黑點也慢慢的擴大為直徑數十公里的圓頂狀的東西並將東京給吞噬覆蓋，面對這個光景且呆立的人們在下一秒發現黑點的中心點出現了異樣的事物，後來人們改稱之為《Z/X -Zillions of enemy X-》―――。
人类消失后，地球经历了漫长的岁月。 位于日本首都东京银座的「银河楼」酒店，至今仍在营业中。 工作人员是以酒店机器人八千代为中心，在各个部门工作的员工机器人们。它们一边等待老板的归来和再次迎接人类的时刻，一边在没有住客的酒店里专心致志地工作，这样的日子仿佛永无止境。 而对于这样的八千代等人，现在，小小的奇迹即将发生——
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。 她被关押在州立绿海豚街重警备监狱——别名“水族馆”。被逼到绝望边缘的徐伦，却通过父亲托付给她的吊坠而觉醒了体内不可思议的力量。 “这个世界上存在着比死亡更可怕的事情 而且这件事情将必定在这家监狱发生。” 这是出现在徐伦面前的神秘少年所留下的讯息。难以理解的事件接连发生。前来探监的父亲空条承太郎口中讲述的恐怖事实，以及一个叫做“DIO”的名字……
特别会谈后的某天，桐人接到了隶属总务省“假想课”的菊冈诚二郎委托。 那是在枪械与钢铁的VRMMO“Gun Gale Online”(简称GGO)里突然发生的“死枪”事件。 被谜样角色以漆黑之枪的所击中的玩家，在现实世界里也会随之“死亡”……因故欠了人情而无法拒绝帮忙调查的桐人，虽然对于“假想世界”对“现实世界”发生物理影响这件事感到不可置信，但还是登入了“GGO”。 桐人为了寻找关于“死枪”的线索以及对于自身角色变化感到疑惑，而在不熟悉的枪战类型游戏里徘徊。这时对他伸出援手的，是一名习惯使用名为“黑卡蒂Ⅱ”的狙击步枪之少女诗乃。 全新故事就此展开！
美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。 他们的老师花本先生向三人介绍了自己表兄的女儿，阿久。外表幼小的阿久有着惊人的艺术表现力，竹本和森田都不觉得对她一见钟情。难以言表的爱情、友情在三人之间渐渐弥漫。 另一方面，真山爱上了花本老师的朋友理花小姐，而理花却深陷对逝世丈夫的怀念，难以自拔。和真山青梅竹马的山田，在坚强爽朗的个性下却常常因为对真山的单恋而独自落泪。 那个夏季，空气里弥漫着甜蜜也氤氲着苦涩，四叶草在风中摇曳，等待幸福的孩子们采摘。
