染井吉乃は祖父である、関西最大の暴力団「桐ヶ谷組」直系「染井組」組長・染井蓮二が決めた縁談相手、 深山霧島の住む、関東最大の暴力団「砥草会」直系「深山一家」のもとで暮らすことになる。 吉乃を優しく迎え入れる霧島は、爽やかで人当たりのよい、ヤクザの家系を思わせない好青年。 慣れない土地に不安を抱えていた吉乃は胸をなでおろす。 ……しかし！！ ある事件をきっかけに、吉乃は霧島の本当の姿を目の当たりにすることになる。
故事发生在一个名为霞之村落的村庄之中，在这里，伫立着专门培养女忍者的忍者学校私立志能备学园。万里小路隼人（远近孝一 配音）是一名平凡的二十四岁青年男性，因为背负了两百万日元的巨额债务，隼人逃到了村中，成为了学校里的老师，可是隼人并不知道这是一间如此特殊的学校。 和隼人一起来到学校的还有名为日向向日葵（松本华奈 配音）的女孩，向日葵很小的时候遭遇了一场空难，所幸得到了一名忍者的救助才幸免于难，从此，向日葵便立志也要成为一名忍者，因此来到了能备学园之中，只是，在这里学习的女孩们都是从小时候起便开始接受忍者训练的高手，而从小过着普通生活的向日葵在这里真的没问题吗？
2022年，人类实现了现实世界和假想空间的融合，电子制造商开发了名为《刀剑神域（Sword Art Online）》的在线电子游戏。SAO甫一面世便大受好评，限量一万份的名额在发售当天的短时间内便被抢购一空。通过联网，玩家可以身临其境进入充满想象力和异域风情的游戏世界——浮游城市艾恩葛朗特。玩家在这里可以生活、练武、升级、经商、探险，与真实世界别无二致，却拥有无上的乐趣。曾是少数封测玩家的桐人（松冈祯丞 配音）也是这一万名幸运者中的一员。最初的兴奋过后，玩家们却发现根本无法顺利登出游戏，更为恐怖的是，一旦玩家的HP归零，现实世界中他们的肉体也将死亡。他们被SAO的开发者茅场晶彦（山寺宏一 配音）困在游戏中，顺利逃脱的方法似乎只有一个，那就是完成困难重重的攻略任务…… 本片根据川原砾的轻小说改编。
真選組魔鬼副長——土方十四郎的身邊來了一個名叫佐佐木鐵之助的二打六。 這位鐵之助雖然來自幕府中菁英輩出的名門——佐佐木家，卻是個眾人束手無策的問題兒童，被各署踢嫌棄，最後被送來了真選組。 面對態度輕浮的鐵之助，土方雖然感到煩躁，卻還是努力保持理智，一直照顧他。就在某一天，遇見了在警察當中算是集結了眾多菁英的組織「見迴組」的局長——佐佐木異三郎。異三郎是鐵之助同父異母的哥哥，卻藐視鐵之助，叫他「不成材」或「二房之子」。 土方聽了動怒，直接挑釁異三郎。 因為他將找不到容身之處的鐵之助，與曾經是無可救藥的自己重疊在一起。 鐵之助得知了土方的過去，洗心革面，下定決心要以土方為目標，變得更強。 土方託付他幫忙寄送重要的信件，鐵之助全力要完成任務，卻在路途上被激進攘夷集團——知惠空黨綁架了。 他們的目的是抓走與警察有關係的鐵之助，當作人質，一口氣擊垮真選組與見迴組。 然而見迴組毫不理會人質，擊潰知惠空黨，甚至還企圖將責任全推到託付了鐵之助的真選組。 知道他是為了將知惠空黨一網打盡，將自己的弟弟當作道具利用，使土方激動不已… 真選組與見迴組即將爆發全面戰爭！！
