主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。
痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
一场车祸夺走了34岁无业家里蹲男青年的生命，当他再度苏醒之后，震惊的发现自己竟然穿越到了异世界中，附身在了一位名为鲁迪乌斯（内山夕实 配音）的贵族少爷身上。面对这命运之神给予他的重新来过的机会，男子发誓这一世一定要拿出点真本事来认真的生活。然而，尽管鲁迪乌斯有着这般宏达的决心，但废柴大叔的本性却还是屡屡暴露。 沉默寡言的三无魔法师洛琪希（小原好美 配音），个性软弱，因此想要学习魔法来自我保护的希露菲叶特（茅野爱衣 配音），个性暴躁但体能超强的艾莉丝（加隈亚衣 配音），和鲁迪乌斯一起在异世界里生活的，是这些可爱的女孩们。
1614年，德川家康73岁，年迈的他必须在两个儿子之间为他的将军之位选一名继承人。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了。 两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
