在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
故事发生在一间名为达利亚学园的寄宿学校之中，这所学校矗立在孤岛之上，绝非外人轻易能够抵达。达利亚学园分为两派——东和国派与西众公国派，实际上，这两个国家之间正在进行战争，因此，两国的学生就读在同一所学院之中，气氛可谓是十分的紧张。 东和国的学生与西众公国的学生都有着他们专属的公寓，而犬冢露壬雄（小野友树 配音）和朱丽叶（茅野爱衣 配音）分别是两个国家学生之中的两名领袖人物。然而所有人都不知道的是，这两个人表面身份敌对剑拔弩张，实际上却是秘密恋爱的地下情侣，这一层关系一旦被别人知道，整个学校就将陷入混乱之中。
这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。 世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年—— 新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。 从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。 作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。 在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
高中生少年八坂真寻的面前突然出现了一位银发碧眼的美少女，她自称是克苏鲁神话中登场的邪神·奈亚拉托提普，并且是宇宙人。从那以后，以奈亚子和真寻为中心的邪神（宇宙人）和地球人所引起的尽是麻烦的每一天开始了。
中学時代“?”と呼ばれていた?森?花は、?分を変えるため、?由な校?の?美津?校に?学した。 同じクラスで隣の席になったのは、レモン?の髪をした、 クールで?由奔放な「レモンソーダ男?」の三浦界。 実は?花は中学時代に?度だけ界に会い、そのひと?をきっかけに?校を決めた。 ?花にとっては、?気者の界は遠い存在。 そんな界が、なぜか?花の世話を焼くようになる。 界が背中を押してくれることで、少しずつクラスに溶け込んでいく?花だったが???。 ?花の世界はどんどん、界の存在によって変わっていく―――。 果てなく広がる 光の真ん中に 今、私はいる
