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时隔不久，「美妙天堂」的新地区开放了！ 在被取名为「梦幻剧场」的表演会场，魅力所引领命运的５人组合，献上最好的演唱会，并为最盛大规模的活动「美妙天堂梦幻巡游」拉开了序幕。「美妙天堂」的偶像们将会遇上兴趣盎然的新故事。被命运选中的５人将会是谁呢？哪个组合能在「梦幻剧场」展示最好的表演呢？

以若木民喜的同名漫画为原著的动画《只有神知道的世界》宣布第1季在2011年1月4日起在日本重播的同时，在其连载的漫画杂志《周刊少年 SUNDAY》上宣布推出第二季动画《只有神知道的世界Ⅱ》。
擅长恋爱游戏甚至被称为“攻略之神”的少年——桂木桂马在来自冥界的恶魔艾露西的强迫下，与她结下了地狱的契约。两人已经一起成功捕捉了四只驱魂。这一次在二人面前出现了新的驱魂队成员。在这一季里，将会出现新的攻略对象，武术传承者春日楠，现实女孩中的现实女孩小阪千寻以及学校的实习教师长濑纯。攻略故事就由此再一次展开。

自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。就在此时，曾对奈斯开枪的亚特，却突然出现在他们面前。亚特心中究竟抱持何种打算？

　　美月（桥本千波 配音）和夕哉（间岛淳司 配音）虽然身为兄妹，却并没有血缘关系，父母的重新结合让两人住到了同一屋檐下。个性有些傲娇的美月对夕哉这个突如其来的“哥哥”态度十分冷淡，但随着时间的推移，美月发现了夕哉善良的一面。
　　一位名叫寿日和（小仓唯 配音）的幽灵少女出现在了美月的身边，寿日和告诉美月，自己死于一场交通事故并且丧失了记忆，脑海中唯一能够记得的就是自己非常非常的喜欢夕哉。寿日和附身在了美月的身上，希望能够借助美月的身体帮助自己了却夙愿归天成佛，然而，对于被附身之后态度变得十分奇怪的美月，夕哉究竟抱有着怎样的感情呢？

在地球的某个角落隐藏了一片神秘森林，称为“银河森林”，是一群拥有“亚斯”力量的民族所居住的地方。一日，曾被银河森林民族的人打败的宇宙海贼复活，并要报仇，所以，第133代的星兽战士同时诞生，对抗海贼，开始一次漫长之战。

　　虽然涅吉（佐藤利奈 配音）只有10岁，但他强大的魔法能力使得他足以担负起任教麻帆良学院的重任，只是，性格有些害羞又未经人事的涅吉，要他面对班上31名年长且清纯可爱的女生，这样真的没问题吗？
　　每一个魔法使的身边，都会存在一个保护大的勇士，两人之间要签订契约，生死与共。而一直没有勇士相伴的涅吉，居然在阴差阳错之下，和自己的学生，巨力系少女神乐坂明日菜（神田朱未 配音）签订了契约。除此之外，情报通朝仓和美（笹川亚矢奈 配音），文学少女绫濑夕映（桑谷夏子 配音），阴阳师近卫木乃香（近卫木乃香 配音），这些女孩子们的出现，也为涅吉惊险刺激的生活增添了一份欢乐。

「陰の実力者」に憧れた少年は、道半ばで命を失い、シド・カゲノーとして異世界に転生した。新たな世界で「陰の実力者」設定を楽しむことにしたシドは、陰に潜み、陰を狩る者──シャドウを演じ、付き合いのいい配下の少女たちと闇の教団に対抗する「シャドウガーデン」を組織する。すべては妄想の産物……そのはずだった。ところが世界の闇たる「ディアボロス教団」は実在し、シドの知らぬところで「シャドウガーデン」は教団との抗争を繰り広げていた。次なる舞台は「血の女王」「妖狐」「暴君」の三勢力が統治する無法都市。そこは、ならず者がはびこる弱肉強食の世界だった。吸血鬼たちの支配者「血の女王」の討伐のため、姉のクレアに連行されてきたシドは、またとない「陰の実力者」ムーブの機会に心を躍らせるのだが……。「血の女王」を巡る陰謀が動き出し、無法都市は三つの勢力が入り乱れる。さらに姉のクレアも騒乱に巻き込まれ、シャドウガーデンも独自に行動。混沌を極める中、シドは人知れずシャドウとして暗躍しようとする。赤き月は昇り、覚醒の刻は来た──！