20XX年8月，东京的银座突然打开了‘门’（ゲート）并从中出现了大量的怪物及仿若中世纪欧洲的骑士组成的军队，杀死了大量的平民，后称此事件为“银座事件”。 在事件发生后的七天，击败敌方军队并顺利攻占异世界的‘门’的日本政府，称‘门’另一边的幻想世界为“特别地区”（简称“特区”)，同时为了调查及防止类似“银座事件”的情况再次发生而派出自卫队，确保‘门’的掌控。 在“银座事件”活跃的主角伊丹耀司（动机是“这样下去同人志贩卖会就要中止了！”），在事件后晋升为二等陆尉(为中尉军衔)，并率领一只侦察队深入“特区”，在为了调查遭炎龙毁灭的村子时结识并与三位美少女（魔法使、精灵、亚神）一起行动。 “银座事件”的当事人要求日本政府向“帝国”讨回赔偿，但对没有人权及国际法等概念的帝国交涉十分的困难。这时垂涎“特区”利益的世界各国也开始干涉自卫队在‘门’的另一边的行动。 ‘门’的另一边，自卫官不断与住在靠近自卫队的桥头堡的避难村民交流，日本（地球）的文化在“特区”逐渐的传播开来。
本不可能存在的神秘凶恶怪兽·宇宙人们来袭了！ 赛罗、利布特、泰迦、泽塔、爱迪、麦克斯、梦比优斯、葛雷、帕瓦特、格丽乔......还有更多的奥特英雄将共同加入战斗，向震撼全宇宙的令人费解的事件发起挑战。 然而这一切，只不过是从现在开始的大乱斗的序章而已！ 开始浮现的阴谋，交错的故事。暗中活动的黄金巨人的目的究竟是什么？！ 与《泽塔奥特曼》的故事相联结，新的奥特历史开始了！
