童话世界迎来了怪物和人类和平共处的新时代。但上一轮危机的始作俑者巴罗在进入黑暗大门后，被激活了身体内隐藏的神秘血脉。远古基因残存的记忆驱使巴罗去带领远古怪物们向人类复仇，巴罗彻底解开了在上一轮激战中，从黑暗大门的裂缝里逃逸出的三个怪物的封印，他们的能力苏醒，开始大肆破坏城市。猪猪侠震惊之余，得知自己的爸爸巴罗竟然是怪物的首领，决定找到爸爸，让他改邪归正。在已经走上歧途的父亲面前，猪猪侠没有选择助纣为虐，而是决定用亲情呼唤父亲的本心，终于让迫在眉睫的危机再一次消除。
斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
萧炎初入中州奇遇不断，实力一路高进。为寻找药老昔日挚友风闲，萧炎独闯四方阁大会脱颖而出震惊全场，风闲许诺定会全力协助萧炎营救药老。冰河谷垂涎厄难毒体疯狂追捕小医仙，萧炎怒歼对手双方结下不解之仇。冰河谷怀恨在心勾结魂殿大肆围攻萧炎，危急关头萧薰儿破空现身强势出手，携古族之威雷霆退敌，两人互诉衷肠后不舍暂别。丹会如期召开，萧炎力压一众竞争者荣获冠军。不料丹塔异宝三千焱炎火意外失控，萧炎力挽狂澜挫败魂殿计划，惊险降服火灵再添一大助力。药老被魂殿暗中转移至亡魂山分殿囚禁，萧炎不惧强敌立即集结人马抢攻，数轮恶斗后终于成功救出药老，师徒再度相聚但萧炎却付出巨大代价仅存一线生机。
高中生无免偶然获得了一副戴上后无论做什么都会被人绝对认同的面具，然而即便如此他也没能鼓起勇气向暗恋的女生告白。直到发生那个将他的生活完全颠覆的事件……
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
