在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
小学校５年生の四葉こころは、ちょっと不器用だけどやさしい女の子。「モノにはみんなたましいがある」というおばあちゃんの教えを守り、モノを大切にしている。ある日、こころが大切にしている色エンピツからモノのかみさま・ここたまが生まれた！名前はラキたま。ここたまには人に見つかってはいけない決まりがあるが、ラキたまは生まれて早々こころに姿を見られてしまう…
