秋秋博士麾下的香蕉兵团肆意掠夺哆啦岛居民的幸福能量，并用掠夺的幸福能量给哆啦岛制造巨大危机。小靖和五名吼吼龙伙伴成立了吼吼龙守卫队，前去迎战强大的香蕉兵团，救助受困的群众，平息街道的混乱。在和香蕉兵团的屡次交锋中，吼吼龙守卫队变得越发强大团结。他们逐渐得到了居民们的认可，成长为真正的英雄。
200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。 主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。 一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。 云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。
