新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。 少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。” 我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。
痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
潜伏的怪物威胁、异世界的怪物，砂糖人。 人们并不知道，它们已经秘密进入了人间界。 人们也不知道，它们正袭击和绑架人类。 为了保护人类，一位青年挺身而出！ 那是一位非常喜欢吃东西的青年——生真。 通过吃下糖果，生真能创造出成为其眷属的存在「饱藏」，并获得变身为假面骑士的力量。 现在，生真为了保护人们的幸福而与砂糖人战斗的故事开始了！
该作围绕第一部剧情结束十年后的世界观展开。主人公·游城十代在前往决斗学院的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求库洛诺斯教授让他通过考试，之后就展开了挑战者之路........
高中生少年八坂真寻的面前突然出现了一位银发碧眼的美少女，她自称是克苏鲁神话中登场的邪神·奈亚拉托提普，并且是宇宙人。从那以后，以奈亚子和真寻为中心的邪神（宇宙人）和地球人所引起的尽是麻烦的每一天开始了。
一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。
