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　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

　　ZOIDS——拥有金属的肉体、动物的本能以及斗争心，                                    
                               　　立于生态系统顶点的最强生命体。                                    
                               　　ZOIDS与人类结下究极的羁绊之时，其隐藏的力量将会觉醒！                                    
                               　　其名为……WILD BLAST！ 

王立奥尔提基亚魔法学院——。因召唤魔法不成功而面临留级危机的学院学生阿鲁特，偶然发现了一本陈旧的召唤魔法书，并画出了魔法阵。召唤出了被封印的恶魔维尔梅。她自古以来就是令人畏惧的“恶魔”，拥有带来灾厄的强大力量。成为使魔的维尔梅需要定期供给魔力，其方法是进行浓厚的接吻。对这样的二人关系感到焦急的阿鲁特的青梅竹马莉莉娅，还有对前所未闻的使魔感到茫然的学生们。与最强的使魔签订契约的阿鲁特，以伟大的魔法使“极尽魔导者”为目标。濒临堕落的魔法师和不健全的恶魔大姐姐的王道幻想开幕

　　某一日，世界上突然出现了一个巨大的黑洞，从黑洞里走出的，是各种各样形状可怖个性凶残的魔物。原来，曾经被勇士所封印的魔王如今重获了自由，出于报复的目的开始在人类的世界里作威作福，不仅如此，他还带来了12名强大邪恶的随从。
　　为了保护自己的子民不受伤害，懦弱的国王下令让勇者的后代们踏上讨伐魔王的旅程，能够消灭恶魔王者，即可获得无尽的财富和无上的荣耀。可是，国王并不知道勇者的子孙们究竟是谁，于是，一只多达75人的勇者军团建立了。作为第45号勇者，原本是个废柴的阿鲁巴（下野紘 配音）莫名其妙的背负起了拯救人类的重担，在好友罗斯（中村悠一 配音）的帮助下，对战斗毫无经验的他能够打倒魔王获得最终的胜利吗？