数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
不久的未来，青少年之间开始盛行着弹珠人竞技，然而在弹珠人竞技界中有出现如此的风声：“传说有个只有被选上的稀有弹珠人参赛者才能参加的‘秘密弹珠人大赛’”。在此同时，其中一位刚接触弹珠人的玩家龙崎翔，伴随着他手上的弹珠人“神威苍龙”，想借由在这场死斗中一路过关斩将，揭露其中“秘密竞赛”的真面目......
主角·山本大介在年幼时因飞机失事而流落南美的亚玛逊河流，但奇迹的是他能够靠自己一个人生活下去，更在森林中练就一身钢铁般的身躯。 但此时邪恶组织·基度想利用古代印加文明征服世界，为了对抗基度，古代印加文明的承继兼守护者巴哥长老对山本大介施手术，并于左臂殖入印加秘宝叽叽腕轮，将他改造而成的神秘战士蜥蜴改造人·假面骑士亚玛逊。大介之后回到日本欲查明自己身世，进而展开与入侵日本的十面鬼率领之基度组织对抗的命运。
星元122年―― 在众多企业扩展到宇宙并构筑巨大经济圈的时代， 有一名少女自边境地区·水星转来MS产业的最大企业“贝纳里特集团”旗下所经营的“阿斯提卡西亚高等专门学园”。 她名为苏莱塔·墨丘利。 内心纯真的少女随着胸口鲜红的闪烁亮光逐步迈向新世界。
