恐怖宠物店

　　“唉呀……过了25岁跟男人分手的话好难受啊！”                                    
　　居住在北海道札幌，在浓汤咖喱店工作的鼓田美奈丽，在酒馆里与刚认识的当地广播局的导播·麻藤兼嗣谈起了自己的失恋经历。                                    
                               　　第二天，就在她跟往常一样准备在工作岗位上开始工作时，店内播放的广播传来了美奈丽恶骂她前男友的声音……原来是麻藤将美奈丽的抱怨秘密录音了下来，并在广播直播中放了出来。美奈丽情绪激动地赶往了广播局。然而，麻藤却毫不畏惧地说了一句。                                    
                               　　“小姐，既然你要停下来，那就说明你要负责主播喽？”                                    
　　在这样的处境下，美奈丽为了辩解刚才的播放内容，拼尽全力地开始了自己的首次即兴直播。结果就是，这场广播出乎意料地大受好评，而后麻藤正式邀请她担任广播播音员。                                    
                               　　“你，想不想主持一个冠名节目试试？” 

人类创作了许许多多的故事。 喜悦、悲伤、愤怒、感动。这些引人入胜的故事撼动着人们的心灵。 但是，那些不过是作为旁观者的感想罢了。 如果，故事中的登场人物们拥有了“意志”。那么对于他们来说，创作出故事的我们，是神一般的存在吗？ ——在我等的世界内发起变革。 ——对诸神之地进行制裁。 任何人，都将成为“创造主(Creator)”。

在莉莉安女子学园，有一个传统，被称为该sœur系统（sœur在法文中解作“姊妹”），其中二或三年级的学生会给予一个低年级生一串念珠，而低年级生就会成为她的妹妹，身为姊姊的高年级生须承诺会照顾妹妹，并教导他们。 当故事开始时，福泽祐巳像其他学生一样在学校入口附近的圣母玛利亚雕像祈祷之后，遇到二年级生小笠原祥子，祥子只是轻轻走近帮祐巳整理丝带。这看似简单的行为，被祐巳的朋友茑子拍下，茑子为了可以在学园祭上登出这张照片，在那天放学后强行拉祐巳到蔷薇之馆。不过祐巳在蔷薇之馆的会议室门口被正要冲出来的祥子撞个正著，祥子见到祐巳，就要求她当自己的妹妹。原来祥子被要求在学园祭上的话剧当女主角，但由于祥子十分讨厌男生，所以不愿参与演出，祥子的姊姊说：“没有妹妹的人没资格发表意见。”祥子巧遇祐巳，正好有了妹妹的理想人选。祐巳一开始认为自己没有资格担入祥子的妹妹，可是经历了几件事之后，二人终于打破障碍，成为姊妹。 后来祐巳就在山百合会帮忙，协助蔷薇大人们处理学生会的事宜，并和岛津由乃和藤堂志摩子成为好友。透过情人节和毕业典礼等活动，在圣母玛利亚的面前，大家成为好友。玛利亚的凝望的故事，就是围绕着山百合会的女孩们的小故事。

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。